核盘菌和灰葡萄孢基因组中的简单重复序列分析.pdfVIP

维普资讯 连 fjHEREDITAS(Beijing)2007年9月，29(9)：1154—1160 ISSN0253-9772 WWW．chinagene．on 研究报告 DOh 10．1360／yc-007-1154 核盘菌和灰葡萄孢基因组中的简单重复序列分析 李伟 ，陈怀谷 ，李伟 一，张爱香 ，陈丽华 1,3，姜伟丽 1,2 1．江苏省农业科学院植物保护研究所，南京 210014 2．南京农业大学植物保护学院，南京 210095； 3．福建农林大学生命科学学院，福州 350002 摘要：利用公共的真菌基因组数据库资源，对核盘菌 (Sclerotiniasclerotiorum)和灰葡萄孢 (Botrytiscinema) 基因组中SSRs的结构类型、分布、丰度及最长序列等进行了系统分析，并与已经研究过的禾谷镰孢菌(Fusarium graminearum)，稻瘟病菌 (Magnaporthegrisea)和黑粉菌 (Ustilagomaydis)等几种植物病原真菌基因组中的 SSRs进行了比较。结果表明：核盘菌和灰葡萄孢基因组中的SSRs非常丰富，分别为6539和8627个，并且在 结构类型和分布规律上具有一定的相似性：与其他几种病原真菌相 比，核盘菌和灰葡萄孢基因组中长重复的 四、五、六核苷酸基序更为丰富，从而使得这两种真菌具有更高的变异性。同时，我们发现真菌基 因组 中SSRs 的丰度与基因组的大小及 GC含量没有必然的关系。文章对核盘菌和灰葡萄孢基因组中SSRs的丰度、出现频 率及最长基序的分析为快速、便捷地设计多态性丰富的SSRs5I物提供了有益的信息。 关键词：核盘菌；灰葡萄孢；简单重复序列；群体遗传学 A·nal·ysis‘oinsim· pl·e sequencerepeat·si●n Renom esot“ncl’e- ‘ ‘ · ‘ 1 一 ‘ ● rotm ia sclerotwrum andBotryttsCinerea LIWei，CHENHuai—Gu，LIWei，，ZHANG Ai—Xiang ，CHEN Li—Hua’3JIANGW ei—Li ， 1．InstituteofPlantProtection，JiangsuAcademyofAgriculutralSciences，Nanfing210014，China； 2．CollegeofPalntProtection，NanfingAgriculutralUniversity,Nanfing210095，China； 3．SchoolofLfieSciences，FujianAgriculutreandForestryUniversiyt，Fuzhou350002，China Abstract：Simplesequencerepeatsormicrosatelliteshavebeenusedasgeneticmarkersinpopulationgeneticsbecauseof theirabundancenadlengthvariationbetweendifferentindividuals．T Sstudyexaminde tlIeSSRsinthecompletelyse— quencde SclerotiniaSClerotiorum nadBotrytiscinemagenomes．Theoccurrences，relativeabundnace，relativedensity,most commonmotifs，nadhtelongestSSRsinhtetwospecieswerenaalyzed，na dcomparedwiht ohterplnatpahtogenicfungal species。suchas Fusarium graminearum，MagnaporthegriseanadUstilagomaydis．111eresultsdemonstrat