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生物芯片荧光图像样点自动定位的实现 Realization of Automatic Spot Addressing for Biochip Fluorescence Image Analysis 谢小东 雷电 Xie,Xiaodong Lei,Dian 摘要：生物芯片在微小的基片上集成了成千上万个样点，每个样点对应一个基因或生物信息。 因此，生物芯片图像分析的自动化在生物芯片软件系统中显得尤为重要，而生物芯片样点自 动定位是实现生物芯片图像分析自动化的关键一步。本文提出并实现了一种生物芯片荧光图 像样点自动定位的算法。运行结果表明，对于样点像素值明显比背景像素值大的样点，样点 检测率可以达到95 ％以上，而且荧光图像的倾斜、荧光图像中大的污染块并不影响本程序的 样点检测率。 关键词：生物芯片，生物芯片软件系统，荧光图像分析，样点自动定位，VC++ 中图分类号：TP39 1.41 文献标识码：A Abstract： A biochip is a tiny chip in which there are ten to hundreds of thousands dots, every dot corresponds to a piece of gene or biology information 。Due to this huge size of experimental data ，automated image analysis is gaining importance in biochip software systems，realization of automatic spot addressing is the key step for automated image analysis 。In this paper，we propose and realize an automatic spot addressing algorithm for biochip fluorescence image analysis 。Experimental results show that this method can automatically locate ninety-five percent of dots if pixel value in every dot is obviously high than that of background 。Moreover，skewness and contamination will not affect the dot detecting rate 。 Keywords: biochip, biochip software systems, fluorescence image analysis, automatic spot addressing，VC++ 1、引言 生物芯片是提取生物分子信息的新技术，生物芯片的概念来自计算机芯片。芯片分析的 实质是在面积不大的基片上有序地点阵排列一系列固定于一定位置的可寻址识别分子，并且 在相同条件下进行结合或反应。反应结果用同位素法、化学荧光法、化学发光法或酶标法显 示，然后用精密的扫描仪或CCD 记录，通过计算机软件分析得到所需信息。 由于生物芯片在微小的基片上集成了成千上万个样点，每个样点对应一个基因或生物信 息。对于双色荧光染料标记的芯片需要计算两种荧光强度的比例信息。另外，与芯片对应的 芯片制作的目的、制作的条件和方法、样品的制备、杂交条件、清洗条件和检测条件等信息 需要保存起来，可见从生物芯片的制作到生物信息的提取过程中有大量的信息需要处理，因 此，需要有一个专门的软件系统来处理芯片的数据。生物芯片软件系统主要由生物芯片图像 分析软件、生物芯片数据的统计学分析和生物学分析软件、生物芯片的数据库管理软件组成， 其中生物芯片图像分析软件是整个软件系统的前提和基础。 生物芯片图像分析软件用来获得生物芯片荧光图像样点的信号值、背景值和信号比等信 息，以供进一步的统计分析。生物芯片图像分析软件对于芯片分析结果有较大的影响。要从 几十万个像素中寻找出样品斑点并测出其信号值的确是一件很困难的工作，为了获得样点的 信号值、背景值，生物芯片图像分