生物基因序列中重复序列研究.pdf

生物基因序列中重复序列的研究 摘要 重复序列在生物基因序列中有着非常重要的作用。目前，重复序列已 经成为了人们研究的热点。科学家试图通过对基因序列中的重复序列的研 究来揭示生物的进化机制及其相应的功能与特征。由于tRNA分子在蛋白质 合成过程中扮演着相当重要的角色以及AIDS已经成为了一种严重危害社 会和人类的疾病，所以本文通过对tRNA与HIV基因序列中的重复序列的 研究，进一步讨论了tRNA序列在进化过程中的亲缘关系、起源及其结构特 征；同时还讨论了HIV的进化历程及其特征。 第一章主要介绍了生物信息学与生物数据库的概况，tRNA序列、HIV 基因序列，重复序列、回文序列，CVTree方法以及复杂网络的基本定义和 基本参数。 ‘ 的亲缘关系进化网络，通过对tRNA序列进化网络的平均度、平均聚类 系数、平均最短路径，网络的度分布图，以及网络的拓扑结构图的分 析，我们进一步讨论了tRNA序列的进化机制及特征。并且，本文用这 两种方法相结合来研究tRNA序列，这样弥补了陈等在2009年利用简 单相似度的方法来研究tRNA序列的一些