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遗传 HEREDITAS(Beijing)15(3):44-481993 利用RFLP资料估计遗传变异① 龙漫远② 四（川农业大学数盆遗传研究室，雅安625014) EstimatingGeneticVariationwithRestrictionFragment LengthPolymorphismData LongManyuan (LaboratoryofQuantitativeGenetics,SichuanAgriculturalUniversity,Yaan625014) 限制性片段长度多态性 R（estrictionFragmentLengthPolymorphism，缩写为RFLP)，是指用限制性内切 酶处理不同生物个体的DNA所产生的大分子片段的大小的差异．怎样合理地定量描述这样的差异，是许多分子 遗传学家 如（Jeffrey)(sl和群体遗传学家所努力以求的目标见（Li和Graur1991的专著 〔’〕‘）．产生限制性片段 长度多态性的原因，是DNA线性分子某一特定内切酶的识别位点发生了变化．其主要的变化，目前认识到是核 普酸的替换 s（ubstitution)，虽然对另一类变化如核普酸的插人 i（nsertion）或缺失 d（eletion）这样的长度变化 的重要性还有待认识 (13)．故本文讨论的变异均定义为两DNA序列分化后平均每位点上发生的核昔酸替换的数 目．这样的变异的定义，具有明确的分子生物学意义．并且可以将不同基因或不同DNA区段的变异大小进行比 较．本文的目的是就RFLP变异分析所涉及的常用数学方法及其分子遗传学的解释，进行较全面的介绍，为遗 传工作者分析RFLP数据提供依据．下面将变异分为群体内变异及群体间变异两个部分叙述． 一、群体内变异 有两种不同类型的群体内变异需要估计．一是从群体中抽出的一定数目的个体构成的样本本身的核昔酸的变 异；二是样本所在的整个群体的核昔酸变异的估计。怎样依据RFLP资料正确估计这些变异，许多作者提出了 略有不同的方法．此外还应略加说明的是，RFLP资料应分为两类 ’〔〕‘，一是根据酶切资料作出的限制图构成的 资料，由此可直观地看到各个限制酶识别位点在DNA上的联锁关系；第二类则是只包括由限制酶处理DNA序 列后所产生的核昔酸片段的大小和数目的酶切资料，又称限制性片段类型 r（estrictionfragmentpattern)资料， 通常所说的RFLP资料是指第一类限制图资料，只有当作限制图有困难时 如（工作量太大），才用第二类资料。 故本文介绍的方法中大部分都是用于第一类资料分析的．这些方法若应用于第二类资料，在可能时文中会作出交 待． 1．样本变异的估计 定义样本变异为P＝在样本所研究的一定的DNA序列中表现多态性的核昔酸位点 所占的比例．有3种常用的方法计算P，包括Ewen犷等人 ”‘，Engels(4，和Hudson(6，提出的方法．前两种方 法都涉及到一些遗传学的或分子进化论的基本假定．Hudson的方法不需要作任何特别的群体进化模型假定，其 推导仅用简单的条件概率方法，较简明易懂和易于应用．他提出的估计式是 ①本文承美国加利福尼亚大学戴维斯校区U（niversityofCalifornia,Davis)黄宁、赖超强和张洪斌博士和 CharlesLangley教授提出宝贵意见，谨致谢忱． ②现在美国哈佛大学比较动物学实验室读博士后． 44 · P二K/(2mr一Kr) (1) 式中K为表现出多型性的限制位点的数目，m为限制位点的数目，r为限制位点的长度 即（构成限制酶识别位点 的核昔酸个数）． 2．群体变异的估计 一个广为应用的群体变异度量是二，文献中称为核昔酸变异指数 (nucleotidediver- slty)(13,14),即为群体中任两个核昔酸序列间每核昔酸位点差异的平均数目．：的定义为 二一Exlx，二。