地黄microRNAs和靶基因的生物信息学预测及验证_赵春丽.pdfVIP

中草药 Chinese Traditional and Herbal Drugs 第45 卷 第8 期 2014 年4 月 ·1129 · • 药材与资源 • 地黄 microRNAs 和靶基因的生物信息学预测及验证 1, 2 2 1* 2* 赵春丽 ，李先恩 ，都晓伟 ，孙 鹏 1. 黑龙江中医药大学，黑龙江 哈尔滨 150040 2. 中国医学科学院 北京协和医学院药用植物研究所，北京 100193 摘 要：目的 拟利用地黄Rehmannia glutinosa EST 数据通过生物信息学手段预测新的地黄microRNAs （miRNA ），为 今后地黄miRNA 的生物学研究奠定基础。方法 根据miRNA 家族在不同物种中的保守性，将miRBase 数据库中的已 知植物miRNA 与通过高通量测序获得的93 172 条地黄EST 序列进行同源比对，按照miRNA 前体应具备的标准进行 筛选。结果 预测到分属于8 个家族的8 条潜在地黄miRNA 序列，并通过实时荧光定量PCR 对8 条预测的miRNA 进 行了检测，证实8 条miRNA 在地黄中真实存在。随后利用软件对8 条地黄miRNA 的靶基因进行预测，发现其靶基因 主要编码与地黄生长发育、代谢以及胁迫响应等过程相关的蛋白。结论 新预测的地黄miRNA 及其靶基因为今后研究 它们在地黄中的生物学功能奠定了基础。 关键词：地黄；microRNA ；靶基因；生物信息学；PCR 检测 中图分类号：R282.12 文献标志码：A 文章编号：0253 - 2670(2014)08 - 1129 - 07 DOI: 10.7501/j.issn.0253-2670.2014.08.017 Bioinformatic prediction and validation of conserved microRNAs and their target genes in Rehmannia glutinosa 1, 2 2 1 2 ZHAO Chun-li , LI Xian-en , DU Xiao-wei , SUN Peng 1. Heilongjiang University of Chinese Medicine, Harbin 150040, China 2. Institute of Medicinal Plant Development, Chinese Academy of Medical Sciences, Peking Union Medical College, Beijing 100193, China Abstract: Objective In order to establish the material basis for future studies on the biological function of miRNAs, we aimed to predict novel miRNAs from EST sequences of Rehmannia glutinosa by using bioinformatic strategies. Methods Since most of the plant miRNAs were conserved in plant species, all plant miRNAs deposited in miRN ase were aligned to the 93 172 EST sequences generated by next generation high-throu