分子生物学 教学课件 作者 郜金荣 主编 第十一章 基因组学.pptVIP

尚辅网 尚辅网 第十一章 基因组学 第一节 基因组计划和测序 第二节 基因组学应用 第二节　基因组学应用 一、比较基因组学(Comparative Genomics) 概念：是基于基因组图谱和测序基础上，对已知的基因和基因组结构进行比较，来了解基因的功能、表达机理和物种进化的学科。 二、功能基因组学研究 1. 概念：利用结构基因组学提供的信息，以高通量，大规模实验方法及统计与计算机分析为特征，全面系统地分析全部基因的功能。 例：人与鼠染色体的差别 2. 基因功能的研究方法 （1） 基因转导技术：导入细胞，观察功能。该方法用的最多，技术最成熟。 （3）差异显示反转录PCR技术 差异显示反转录PCR(differential display reverse transcription-PCR，DDRT—PCR)的基本原理是：根据mRNA的poiy(A)尾巴再加上前面的两个核苷酸，可以设计出12个特异的3′ - 端锚定物，以提取的两种细胞或不同组织中的mRNA为模板，再用20个随机引物，通过RT—PCR，可以将细胞或组织中表达的基因片段直接显示在DNA测序胶上，从而找出两种细胞或不同组织中表达有差异的cDNA片段。 （4）DNA芯片又被称为基因芯片或寡聚核苷酸微芯片(oligo nueleotide microchip)，该技术是由Forder首先提出，其基本原理是：首先将DNA序列(每个序列的长度在几十个到几百个碱基的范围内)通过光蚀刻技术与固相化学合成相结合，或自动化快速打印、喷射法等，将DNA固定在固相表面组成密集的分子阵列。由于其大小与计算机的芯片差不多，又含有非常丰富的信息，故形象地称之为DNA芯片。 （五）表达序列标签(EST)法是一种高速有效的功能基因组学研究方法，EST数据库建立的主要过程是将某组织的mRNA 在体外反转录成cDNA后克隆到载体上，构建cDNA文库，再从cDNA文库中大规模随机挑选cDNA克隆，对其3′ - 端或5′ - 端进行一步法测序获得EST。EST就是一段长约150～500 bp的基因外显子序列片段，建立这些序列的数据库。利用EST可以进行克隆基因和分析基因表达。 （六） RNA干涉 RNA干涉是双链RNA介导的干涉(double stranded RNA mediated interference， RNAi)的简称，这一现象是1998年由美国学者Fire等在秀画隐杆线虫（Caenorhabditis elegans)中发现的，现已发展为一种研究基因功能的新方法。它通过导入的双链RNA的介导，特异性地降解内源相应序列的mRNA，从而导致转录后水平的基因沉默。 反义RNA（antisense RNA）技术 三、生物信息学 生物信息学的定义是：生物信息学是包含生物信息的获取、处理、储存、分发、分析和解释的所有方面的一门学科，它综合运用数学、计算机科学和生物学的各种工具进行研究，目的在于阐明和理解大量数据所包含的生物学意义。 （一）生物信息学的研究内容： 包括基因组信息(如DNA序列、分析和解释、染色体定位等)、蛋白质组信息(如蛋白质的序列、结构、功能及定位分类等)，也包括基因与蛋白质的关系(如蛋白质编码基因的识别及算法研究、功能预测等)，以及生物分子进化、蛋白质结构模拟与新药的设计、植物生长发育的模拟与设计等领域。 （二）生物信息学研究方法 1. 生物信息数据库及其管理 2. 基因组序列信息的分析与比较 3. 蛋白质序列的结构分析与预测 4. 基因表达的网络分析与虚拟生物研究 生物信息学与疾病检测 基因组计划产生的基因及基因多态性数据与临床医学检验结果之间的关系需要利用生物信息学的方法去分析、去揭示 根据这样的分析结果，科学家能够更准确地了解疾病产生的根本原因，更精确地预测某个人患癌症、糖尿病或者心脏病的可能性，从而彻底改变我们诊断、治疗和预防疾病的方式 四、蛋白质组学 蛋白质组学（proteomics）本质上是大规模水平上研究蛋白质组的特征，包括蛋白质的表达水平，翻译后的修饰，蛋白质与蛋白质相互作用等的基础上，揭示蛋白质的结构与功能、核酸与蛋白质的相互作用、以及蛋白质相互作用网络的规律。 蛋白质结构与功能关系的研究 基因组计划的不断推进，其结果不仅导致DNA序列数据的迅速增长，也导致蛋白质序列数据的迅速增长。 生物信息学在蛋白组学研究中的主要任务是产生和分析蛋白质的结构，并将结构知识应用于生物学、医学、药学等生命科学领域。 蛋白质空间结构预测。 蛋白质结构是合理药物分子设计的基础。 蛋白质结构是蛋白质工程的基础。 基于生物信息学的新药设计 习题 1．基因组学中有关基因的图谱主要有那些？ 2. 现有