用微卫星标记构建水稻日本晴与广陆矮4号杂交F-%2c2-群体遗传图谱.pdfVIP

摘 要 用分子标记构建水稻遗传图谱得到了快速的发展，自从McCouch等在1988 年构建的第一张图谱开始，到现在已经有很多用不同的作图群体和分子标记构建 的图谱，而大多数分子标记都是RFLP标记和混合标记，最近随着水稻全序列基 因组的完成，用单一的SSR标记构建的遗传图谱越来越多。用各种分子标记分 别在多种作物群体中构建遗传图谱，在许多作图中都有偏分离现象存在，其中引 起的原因也是多种多样，诸如作图群体、遗传搭车效应、配子体和孢子体选择、 非同源重组、基因转移、转座因子和环境因素等等都可能是形成偏分离的原因。 Fz代群体是常用的作图群体，迄今为止，大多数植物的DNA标记连锁图谱都是用 扎群体构建的。不论是自花授粉植物，还是异花授粉作物，建立R群体都是容易 配制，且不需要很长的时间，这是使用F2群体进行遗传作图的最大优点。一些高 密度分子连锁图谱的构建，为在整个基因组中调查泰现偏分离的位点提供了可 能。本研究选用全基因组测序已经完成的材料粳稻日本晴和完成了第4染色体全 序列测序的籼稻广陆矮4号进行杂交，共90个单株，构建了一个包含148个微 卫星标记的水稻分子遗传图谱．分析并讨论了偏分离形成的原因。其主要结果如 下： 1、用三部分引物：一部分是根据日本水稻基因组计划研究的结果进行合成 的，编号为OSR系列，共7对；一部分来源于美国康耐尔大学的研究成果而合成 的，编号为RM系列，共505对；还有一部分来源于本实验室自己设计和开发的， 即以两个全基因组测序已经完成的材料籼稻93-11和粳稻日本晴为基础进行筛选 多态性雨合成的部分SSR引物，编号为RP系列，共244对，构建了一张包含148 个微卫星标记的水稻分子遗传图谱，覆盖水稻基因组1737．81cM，相邻标记间平 均遗传距离为11．90cM。 2、用756对引物对供试亲本进行检测，结果共有200对引物在亲本间检测 到多态性，多态性比例为26．46％。 3、 用158个标记进行连锁分析，最后得到1张包含16个连锁群的遗传图 标记位点，各标记位点较均匀地分布在12条染色体上。 4、本图谱与Temnykh等发表的图谱具有很高的可比性，绝大多数标记都被 定位于相同的染色体上，且排列顺序一致，但是本图谱还是有一些不足之处，如 遗传距离较远、标记较少等。 5、对RP标记的生物信息学分析，其中有9个标记的分析结果与其在本图谱 上的位置不_致。 6、该F：群体显著偏分离非常高，发现有49个分子标记表现偏分离(PO．05)， 占总标记数的33．11％，这些偏分离标记中有36个偏向广陆矮4号，13个偏向杂 合体，没有偏向日本晴的偏分离标记。讨论了配子体基因和孢子体基因导致偏分 离的原因，通过已经定位的配予体基因和杂种不育基因分布在偏分离集中的区域 来进一步说明配子体基因和杂种不育基因确实是导致偏分离形成的原因，而且还 通过未定位的标记分析了偏分离的原因。 7、在图中的7条染色体上共分布了44个偏分离标记，占偏分离标记总数的 89．80％，其中许多偏分离标记以成簇的形式分布在染色体的特定区段，形成了偏 分离的热点区域。在这些热点区域中偏向广陆矮4号的有7个，即 和SDR一9。 关键诃；水稻 釉粳交F；群体遗传图谱馈分离 -11． ABSTRACT 111e of of developmentconstructionrice maps molecularmarkersis linkageusing fromMcCouchetalconstructedthefirstricemolecular veryrapid．Since in linkagemap havebeen allkindsof and 1988，manymaps