DNA分子链的初始高度及其压弹性的原子力显微镜研究.pdfVIP

DNA分子链的初始高度及其压弹性的原子力显微镜研究∗ 朱杰, 王国栋 西北农林科技大学理学院应用物理系 杨凌 712100 摘 要：单分子力学性质的研究已成为目前生物纳米科学的研究热点，单分子技术在近几年的飞速 发展使该领域取得了一系列突破性进展。原子力显微镜作为这些技术的优秀代表而备受青睐，有关 原子力显微镜的应用成果层出不穷。文章首先介绍了接触模式、轻敲模式下的原子力显微镜对空气 中的DNA 分子的成像研究，探讨了成像模式对DNA 高度的影响，对DNA 的初始高度进行了考证， 实验结果表明，初始高度与理论值十分接近；接着在清晰成像的基础上，参考于DNA 分子的原始(初 始) 高度，通过检测DNA 双链的弹性形变量，研究了DNA 分子在直径方向(垂直于双螺旋方向)的压 缩性质。实验结果表明，空气中固定在云母表面的DNA 分子具有很好的弹性，在外力作用下DNA 的径向形变可达到60%以上，当外力撤销后，其形变可以不同程度地恢复。另外统计了25 段DNA 分子上 125 个点的高度与成像力的关系，并由此初步估算了DNA 分子的弹性常数。 关键词：原子力显微镜；DNA 分子链；压弹性；杨氏模量；初始高度 中图分类号：O342.1; Q753.2 文章识别号：A 近些年，单个生物分子力学性质的研究引起了人们的兴趣。这是因为从物理学角度看，单个分 子的弹性是否与宏观物体的弹性相同是一个值得探讨的问题；从生物学角度看，生物大分子一般都 具有一定的柔性，即在微小的外力作用下会发生构像的改变，从而导致其功能的变化，单分子弹性 的研究将有助于揭示其结构与功能之间的动力学规律，探索潜在的生物学意义[1-2] ；此外，生物大分 子是一类颇受重视的天然纳米材料，从材料科学角度看，单分子力学性质的研究对于纳米器件的组 装和连接也十分重要，它将直接影响纳米器件最终的工作性能。随着纳米测量技术的发展，尤其是 皮牛测量技术的出现使人们能够研究单个生物大分子的动力学行为并对其进行直接操纵，从而可在 单分子水平上对生物大分子(DNA，蛋白质，多糖等) 的力学性质进行研究[3-4] 。原子力显微镜(atomic force microscope, AFM)作为这些纳米操纵与测量技术的代表，以其优秀的时空分辨能力、工作环境 的可控能力、样品制备的简易可行等特点而备受青睐[5] 。作为一个细长而柔软的生物分子，DNA 的 弹性主要由纵向拉伸弹性、横向压缩弹性以及扭转弹性等三个基本弹性组成[4] 。目前，利用AFM研 究DNA分子力学性质的工作主要集中在纵向拉伸特性上，并已取得了令人兴奋的研究成果，相应的 理论研究工作也进展迅速。但有关DNA分子的压弹性的探索却较为零星[6-9] 。我们在前人工作的基础 上对空气中的DNA分子进行了清晰成像，并对DNA分子的初始高度进行了界定；参考于DNA分子的 原始(初始)高度，通过检测DNA双链的弹性形变量，研究了DNA分子的压缩弹性，初步给出了定量 的结论，并探讨了不同操纵模式在研究生物分子压弹性中的局限性。由于DNA分子压缩特性的研究 可以反映DNA分子的局域力学特性，具有重要的生物学意义[4] 。 1. 材料与方法 1.1 DNA样品的制备 巯基DNA片段(SH-AGC CTT CGG CAT TGC CCC ，18bps) 购于美国 Promega公司；λDNA(48502bps)购于美国SIGMA公司；云母购于四川美丰云母工业有限责任公司， 其新鲜解理表面粗糙度小于0.4nm(AFM测量值) 。所用溶剂水是经由美国Millipore纯水仪制备的超纯 水，电阻大于2.5×106Ω。取10µl浓度为10ng/ml 的DNA水溶液，滴加在新鲜解理的云母片(12mm×10mm) 上。5min后用超纯水淋洗云母表面，用中性滤纸从样品一侧吸取洗涤液，重复淋洗三次并置12 孔板 基金项目：教育部科学技术研究重点项目(No.104167) ；国家自然科学基金资助项目(No.； 作者简介：朱杰(1980- )，男，土家族，湖南张家界人，博士，助教，中国物理学会、中国/美国化学学会、中国/ 美国细胞生物学会、中国生物物理学会会员，主要从事农业环境生物物理、分子生物物理与理论生物物理研究。 作者通讯：E-mail ：jiessy_zhu@126.c