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2017-08-19 发布于安徽
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高密度基因芯片的探针设计和布局.pdf

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高密度基因芯片的探针设计和布局孙啸王晔赵雨杰马建明陆祖宏东南大学生物科学与医学工程系 Probe andthe of Gene HighDensityChip Design Layout Sun Ye，Zhao Zuhong Xiao，Wang Yujie，MaJianming，Lu Southeast University ABSTRACT：Probeisthefirst to andthe of design manufacturinggene accuracygenechip step chip aIl detection onit．Inthis anew of which depends Nesent probedesign．by paper,we approach set with canbe methods of dynamical Tm generatedusing programming．The optimumprobesnearly or ale this SNPs in for whichdetectDNAmutation also paper． designingchips proposed gene 一、引言列的候选探针。为了得到覆盖目标序列的最影响基因芯片检测可靠性的一个关键因优探针集合，理应分析所有候选探针各种可素就是待测序列与探针的碱基杂交错配，而能的组合。但是由于满足约束条件的探针集碱基杂交错配又是由于各探针具有不同的杂合非常多，从计算量来看，无法分析每种可能的组合，必须采用优化搜索策略。交解链温度(T。)所gI起的。如果各探针的杂交解链温度不一致，则容易造成在某一给我们的策略是在进行候选探针的优化组定条件下探针与待测序列杂交错配，从而显合时，通过调节两个探针参数，即探针长度示错误的杂交信号，导致基因芯片检测的困和相邻探针之间的覆盖长度，动态调节探针难和误判断。本文首先提出一种基因芯片上的杂交解链温度(即L值，探针的T。值与探寡核昔酸探针设计的新思想，