苏姜猪H-FABP基因遗传多态性的研究.pdfVIP

苏姜猪H-FABP基因遗传多态性研究 朱淑斌1,2， 赵旭庭2， 周春宝2,3， 韩大勇2,3， 倪黎纲2,3，李碧春1， 陶勇2张玲2 1.扬州大学动物科技学院，扬州2250092.江苏农牧科技职业学院，泰州225300 3.苏姜猪保种场，泰州225300 摘要：本试验探究苏姜猪心脏脂肪酸结合蛋白(H-FABP)基因的多态性及其与肉质性状的相关性，采用3种内切酶Hinf Ⅰ、HaeⅢ和MspⅠ的PCR-RFLP分子标记技术，分析了40头苏姜猪H-FABP基因5′-上游区和第二内含子区的遗传变异 情况。结果显示，试验猪群5′-上游区HinfⅠ酶切位点存在多态性，酶切得到HH、Hh、hh3种基因型，H基因频率为 0.6116，表现为中度多态(PIC=0.3622)，试验猪群的基因频率和基因型频率都处于哈迪温伯格平衡状态(P＞0.05)。 关键词：苏姜猪;H-FABP基因;PCR-RFLP 论文集 1．2．2 PCR扩增 引物参照文献‘副，由上海生工合成，引物序列、PCR产物大小及扩增区域见表1。 表1PCR—RFLP分析的引物序列、PCR产物大小和位置 TablelPr．mer PCR sizeandlocation sequences，correspondingproduct foreachPCR-RFLP m01．L．1) (1)PCR扩增体系(20u MasterMixl0儿、模板DNA2儿、上下引物(20Il L)：其中2xraq ll u 各1 L、灭菌蒸馏水6L； 个循环：最后720延伸10min；4℃保存。 1．2．3 PCR扩增产物的酶切 L，IOXBufferlu 用Hinf L，其中，PCR扩增产物15lI L，限 I酶切693bp扩增产物。酶切体系20u 制性内切酶1uL，37。C反应6h，酶切产物用2％琼脂糖凝胶电泳分析。 1．3统计分析 1．3．1基因频率和基因型频率的计算 等位基因的个体数；n：为一个群体内个体的总数；Jl,J：…j。：与i共显的第1到第n个等位基因。由于 PCR．RFLP方法的检测结果为共显性等位基因，因此表型频率即为基因型频率。基因型频率=基因型个体 数／测定群体总数。 2独立性检验) 1．3．2基因频率和基因型频率的差异显著性检验(x 2 首先根据基因频率计算各种基因型频率的理论值，然后计算xo由于本研究资料的自由度df=l， 某些基因型理论值小于5，因此采用矫正公式： X2：争坠二至!二堕 一i 一f，： 其中，T．：理论值；Ai：实际观察值；n：等位基因数。 1．3．3 H-FABP基因的纯合度杂合度、有效等位基因数的计算 纯合度计算公式为：H。=∑p； i=l 式中，Ho为某一位点的纯合度，Pi为第i个等位基因的频率，n为某一位点的等位基因数。 88 中国畜牧兽医学会信息技术分会2013年学术研讨会 杂合度计算公式为：H。=I-H。=1一∑p； i=1 式中，He：某一位点的杂合度，Pi：某一位点上第i个等位基因频率，n：某一位点的等位基因数，Ho： 遗传纯合度。 有效等位基因数计算公式为：Ne=I／Ho 1．3．4 H-FABP基因的多态信息含量的计算 information 多态信息含量(polymor