深海沉积物中产淀粉酶细菌多样性地研究.pdfVIP

福毽覆n。 第三眉海洋膏技术论坛 2005．08．19-23 深海沉积物中产淀粉酶细菌多样性的研究宰 戴世鲲1 郑天凌1’2木木郑伟1王晓颖1 (1．厦门大学生命科学学院应用与环境微生物研究所， 2．海洋环境科学国家重点实验室，厦门316005) 扩增，并对产生的指纹图谱进行聚类分析，结果表明30株菌具有丰富的种属多样性，揭示了 多样性的研究。 关键词：深海，淀粉酶，ERIC．PCR，BOX．PCR 日IJ 舌： 1991年，Hulton等人【11首次在E．coli，Salmonella typhimurium及其它肠道细菌基因组中发 现了ERIC(EnterobacterialConsensus)序列，即肠杆菌基因间保守重复 RepetitiveIntergenic Palindromic) 序列。同年，Versalovic等人lzl针对ERIC序列和尉!P序列(RepetitiveExtragenic 特点设计引物， 对不同来源的细菌基因组DNA进行PCR扩增，对细菌的基因组DNA进行指纹图分析，并将该 技术申报专利。1992年，B Martin等人在Streptococcuspneumoniae基因 成【3】。1995年，TKoeuth等人针对BOX元件三部分序列特点设计寡核苷酸探针和PCR引物 研究在多种不同的细菌基因组中这三部分的保守性，发现boxA序列具有更好的保守性，表明 boxA序列广泛的分布在不同的细菌种属中，并可利用基于boxA序列的PCR引物队不同的微 element PCR)技术，即 生物进行指纹图谱分析【4】。此后，rep．PCR(repetitivesequencebased ERIC—PCR、REP．PCR和BOX—PCR被广泛应用于细菌分类和菌种鉴别上【5J。 本研究从深海沉积物中分离筛选到30株具有胞外淀粉酶的细菌，并用ERIC．PCR和 BOX—PCR技术对这些菌株的种属多样性进行研究，从而在某一功能性细菌的水平上揭示深海 微生物的多样性和微生物资源的丰富性。 1材料和方法 ’基金项目：1，国家重点基础研究发展规划项目“地球圈层相互作用中的深海过程和深海记录”子课题“深 海生物圈在物质循环中的作用”(编号：G2000078504)，2，国家教育部高校优秀骨干教师资助项目。戴世鲲 (198一)，男，安徽人，环境微生物学方向硕士生。女+郑天凌，通讯作者，教授／博导，电话：0592．2183217， E-mail．．microzh刨ingxian．xmu．edu．cn． 41l 覆毽霆n 第三届海洋高技术：l幺坛 2005．08．19-23 1．1实验材料 DufresneWEPAMA航次期间 1．1．1样品深海沉积物样品采集于中一法合作项目的Marion (2001年5月到2001年6月)，采样站位分布于热带太平洋中部和东部的多金属结核区，使 用多管采泥器和箱式采泥器采集。 L1．2培养基 159，自然海水1000ml，pill0。 1．1．3ERIC—PCR和BOX—PCR特异性引物 ERIC—PCR特异性引物序列： 7 ERIClR：57．ATGTAAGCTCCTGGGGATTCAC一3 7 ERIC2：57一AAGTAAG}TGACTGGGGTGAGCG-3 BOX—PCR特异性引物序列：