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第三章 实验部分 3.1 实验准备 3.1.1 前期准备 [9] 查阅文献，本文所研究的化合物来自参考文献 ，此类化合物为脯氨酰-2，3 二氨基异丙 酸衍生物，具有相同的骨架结构，活性之间具有比较好的可比性。所选化合物共有25 个。化 合物的骨架结构如图1 所示： 图3-1-1 脯氨酰- 2 ,3 -二氨基丙酸衍生物骨架结构 3.1.2 主要应用软件介绍 3.1.2.1Dragon 软件 Dragon 软件是一款用于计算分子描述符的软件，这些描述符可以用于评价分子的构效关系 或结构与性质之间的关系。同时也可用于分子数据库的相似性分析以及高通量筛选。Dragon 软件可以计算3224 种分子描述符。不但可以计算最简单的原子类型，作用基团以片段计数， 一些分子性质同样可以通过运用文献中的常用模型进行计算。 3.1.2.2Molden Molden 软件是一款分子图形显示软件，可以显示 Gamess 和 Gaussian 的计算结果。当在 Windows 系统中运行时要先打开X-Win32 。 3.1.2.3Matlab Matlab 是一款由美国MathWorks 公司出品的商业数学软件。MATLAB 是一种用于算法开 发、数据可视化、数据分析以及数值计算的高级技术计算语言和交互式环境。除了矩阵运算、 25 绘制函数/数据图像等常用功能外，MATLAB 还可以用来创建用户界面及与调用其它语言（包 括C，C++和FORTRAN ）编写的程序。 MATLAB 的主要提供以下功能：可用于技术计算的高级语言； 可对代码、文件和数据进 行管理的开发环境； 可以按迭代的方式探查、设计及求解问题的交互式工具 ；可用于线性代 数、统计、傅立叶分析、筛选、优化以及数值积分等的数学函数 ；可用于可视化数据的二维 和三维图形函数 ；可用于构建自定义的图形用户界面的各种工具 ；可将基于 MATLAB 的 算法与外部应用程序和语言（如 C 、C++、Fortran 、Java 、COM 以及 Microsoft Excel ）集成 的各种函数 。 3.2 实验步骤 3.2.1 分子结构优化 ChemDraw 画出分子结构图，在Chem3D 中先对分子进行MM2 几何优化，再用半经验法 AM1 优化，得到药物分子的稳定三维结构，存为.gjf 格式文件，修改语句如下： %mem=200mb %chk=xxx.chk %nprocs=1 #P B3LYP/6-31g* opt pop=npa Gfinput IOP(6/7=3) 结构名称，日期等 0，1 C 0 1.234 3.456..4.567 … 最后空三行。 优化后须检查优化结构中是否有孤对电子。如果文件中有孤对电子(LP)要将出现在 LP 的 几行删掉，然后进行Gaussian03 计算。若想提高计算速度，使用双核同时计算，则将“%nprocs=1 ”改为“%nprocs=2 ”即可。 26 3.2.2Gaussian03 计算 打开Putty ，进入Linux 系统中，在文件保存的目录下，先用dos2unix 命令将gjf 文件转换 成Linux 文件；然后通过以下命令：ssh c0-* （*为指定的计算机编号）进入到后指定的后台运 算计算机中，并返回至文件保存目录。输入以下命令：nohup g03 filename.gjf .进行Gaussian03 计算。计算完成后检查是否存在虚频，可有3 种方法： a.通过Putty 软件输入命令：tail filename.log 检查，若显示“normal termination of Gaussian 03 at 日期”结束则说明计算无误。 b ．在Putty 中打开文件并按F3 查看，按shift+G 键查看log 文件的最后一行，若显示“normal termination of