生物信息学复习题.docVIP

生物信息学 蛋白质结构分析与预测 1、说出至少一种蛋白质结构数据库和一种可视化工具。 蛋白质结构数据的获取--PDB库。 蛋白质三维结构显示比较出名的有：RASMOL，Swiss-PDBViewer和VMD等，Rasmol：是最著名的大分子结构可视化工具之一(Rasmol -3EBJ)。 2、蛋白质结构的分析包括哪些？ ① 结构品质的分析；② 蛋白质内部相互作用分析；③ 溶剂可接近表面的计算及分析；④ 功能位点的分析。 3、蛋白质结构联配的概念。 蛋白质结构联配（比对）：将两个相似的三维结构尽可能重叠在一起，这样使得结构上对应残基的主链原子在空间尽可能的靠近。利用重叠反过来定义序列的联配，通常认为序列上匹配的残基在空间距离上是相近的。通过结构联配找到同源关系更远的蛋白质，因为结构要比序列更加保守。 4、说出一种结构相似性搜索工具。 NCBI—VAST search使用举例。 5、说出两个蛋白质结构分类数据，说出几种结构类。 结构分类主要依据：序列比对和结构比对。 分类方法：分层分类方法（树状结构）。 折叠子tim桶，超家族，同源体，相似体。 结构分类数据库CATH和SCOP（半自动和专家经验结合和完全依赖专家经验）。 6、蛋白质结构预测的常见方法有哪些？ 蛋白质结构预测：结构预测是指仅依据蛋白序列信息来预测蛋白质中每个原子在三维空间中的相对位置，也有些方法仅预测结构中部分的信息。