生物化学第三篇核酸的结构与功能.docVIP

第三篇 核酸的结构与功能 （第十一～十三章 小结） 第十一章 核苷酸 核苷酸由核苷和无机磷酸组成。核苷由碱基和（脱氧）核糖通过β-N 糖苷键连接而成。 碱基是含有N原子的嘌呤或嘧啶的衍生物。核酸分子中代表遗传信息的是碱基序列。生物体内最常见的嘧啶碱基是胞嘧啶、尿嘧啶和胸腺嘧啶，嘌呤碱基是腺嘌呤和鸟嘌呤。尿嘧啶通常只存在于RNA，胸腺嘧啶只存在于DNA。机体内还存在其他嘌呤或嘧啶的衍生物，它们的碱基有的是5种常见碱基的修饰产物或代谢产物。碱基几乎不溶于水，在溶液中能发生酮式-烯醇式的互变异构和酸碱解离，并具有强烈的紫外吸收，其最大吸收值在260nm。 核苷中的D-核糖或2-脱氧-D-核糖都以呋喃型环状结构存在，其中的β-N 糖苷键由戊糖的异头物C原子与嘧啶碱基的N1或嘌呤碱基N9形成。在核苷中，碱基在糖苷键上的旋转受到空间位阻的限制。嘧啶核苷通常为反式构象，自由的嘌呤核苷更容易形成顺式构象，但DNA和RNA螺旋中的嘌呤核苷主要为反式构象。由于核糖部分的高度亲水性，核苷的水溶性要比自由的碱基高得多。核苷在碱性条件下较稳定，嘧啶核苷能抵抗酸水解，嘌呤核苷很容易发生酸水解。 核苷酸是核苷的戊糖羟基的磷酸酯，包括核糖核苷酸和脱氧核苷酸。自然界的核苷酸多为核苷-5′-?磷酸。核苷酸有核苷单磷酸、核苷酸二磷酸和核苷三磷酸，NMP（rNMP）、NDP（rNDP）和NTP（rNTP）分别表示核糖核苷单磷酸、核糖核苷二磷酸和核糖核苷三磷酸；dNMP、dNDP和dNTP分别表示脱氧核苷单磷酸、脱氧核苷二磷酸和脱氧核苷三磷酸。核苷酸的构象不是固定不变的，具有一定的柔性。核苷酸的许多性质是由碱基、核糖或脱氧核糖、磷酸基团以及N-糖苷键决定的。核苷酸的主要生物功能包括：能量货币、核酸合成的前体、信息转导、作为其他物质的前体或辅酶/辅基的成分、活化的中间物、作为酶的别构效应物参与代谢的调节、调节基因表达。 第十二章 核酸的结构与功能 核酸是由多个核苷酸通过3,5-磷酸二酯键相连的多聚物，分为RNA和DNA。 核酸的一级结构是指构成核酸的多聚核苷酸链上的所有核苷酸或碱基的排列顺序。每一条线形多聚核苷酸链都具有极性，有5-端和3-端。书写核酸一级结构的惯例是，从左到右先写5- 端，再写3- 端。核酸一级结构的意义是储存生物体的遗传信息。 DNA的二级结构主要是各种形式的螺旋，特别是B型双螺旋，此外还有A型双螺旋、Z型双螺旋、三链螺旋和四链螺旋等。其中最主要的形式为Watson和Crick于1953年提出的B型双螺旋，其核心内容是：DNA由两条呈反平行的多聚核苷酸链组成，它们相互缠绕形成右手双螺旋；两条链通过AT碱基和GC碱基对互补结合在一起；碱基对位于双螺旋的内部，并垂直于暴露在外的脱氧核糖磷酸骨架。碱基对之间的疏水键和范德华力对双螺旋的稳定起一定的作用；双螺旋的表面含有大沟和小沟；相邻碱基对距离为0.34nm，相差约36°。螺旋直径为2nm，每一转完整的螺旋含有10个bp，其高度为3.4nm。 一定的条件下，双链DNA可以从B型转变成其他螺旋构象，但在正常的细胞环境中能够存在的只有A、B、Z。引起DNA双链构象改变因素有碱基组成和序列、盐的种类、盐浓度和相对湿度。低湿度下，DNA可形成A 型双螺旋。DNA与RNA形成的杂交双链为A型双螺旋；嘌呤嘧啶相间排列的DNA在高的盐浓度下可形成左旋的Z-DNA。而体内m5C 上的甲基化被认为有利于B型向Z型的转变。体内Z-DNA的形成可能与基因表达调控有关。 DNA双螺旋结构的证据有X射线衍射数据、Chargaff 规则和碱基的互变异构性质。 双螺旋稳定的因素有氢键、碱基堆积力和阳离子或带正电荷的化合物对磷酸基团的中和，其中起决定性作用的是碱基的堆积力。 三链螺旋结构即H-DNA，它是DNA的非标准二级结构，其形成需要至少DNA的一条链全部由嘌呤核苷酸组成。在细胞内，H-DNA经常出现在DNA复制、转录和重组的起始位点或调节位点。 DNA的三级结构为超螺旋。DNA超螺旋分为正超螺旋和负超螺旋，其中正超螺旋为左手超螺旋，因DNA双螺旋过度缠绕引起，负超螺旋为右手超螺旋，因DNA双螺旋缠绕不足引起。超螺旋DNA可以通过连环数、扭转数、缠绕数和比连环差几种数据定量地表示。负超螺旋DNA很容易解链，有利于DNA的复制、重组和转录。但是，在DNA复制和转录过程中会形成不利的正超螺旋，细胞内存在的DNA拓扑异构酶可及时清除正超螺旋。 RNA的二级结构取决于碱基组成，有多种形式。双连RNA为A型双螺旋。多数RNA只有一条链，其二级结构主要由链内碱基的互补性决定，最常见的是茎环结构。tRNA的二级结构像三叶草，含有四个环和四个茎。按照从5′到3′的顺序，四个环依次是D环、反密码子环、可变环和TψC环。在反密码子茎和TψC茎之间通常还有