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水利水电工程主要研究：水资源开发利用和管理，防洪与减灾，节水灌溉技术及农田建设中的水利工程技术措施，河流及水库泥沙问题，高坝泄水建筑物水力学问题，高坝新结构及建坝新材料，工程基础和岩土工程问题，水利水电等工程抗震技术，新型水轮机和水泵，电站和泵站自动化技术，火、核电站的冷却水工程以及水利水电的环境问题等　1.水资源研究　　资源与生态环境的安全是国家综合安全的重要组成部分。根据我国自然条件复杂、人口众多、经济落后但发展迅速的基本国情，水危机深刻地影响社会生活的每一个方面，引起了国家和社会的高度关注。20多年来，我国在水资源领域的研究层面不断深入，目前已发展到将水资源与经济、生态三者联系起来统一研究，在区域生态需水量和水资源承载能力方面有所突破。　　协调好水资源与社会、经济和生态环境发展的动态关系，是水资源合理配置的主要目标。这就需要在水资源的调查、评价、规划、开发、利用、保护和管理的各个环节，充分考虑社会、经济与生态、环境的实际现状和发展需求，以适应国家可持续发展战略每年负责编写由国家环保总局统一发布的“中究”、“灌溉管理及水费回收”、“海南北部地区水资源总体规划”、“贵州水部门评价”和“新疆北部地区水资源总体规划”等项目。对各地区进行了宏观经济发展趋势的预测、水环境影响评价与预测、水资源供需平衡模拟研究、多目标优化规划研究等重要研究。采用了多层次、多目标、多决策的水资源优化配置新理论，进行动态的决策分析研究，把优化模型和模拟模型结合起来，研究了地区的可持续发展战略及模式。　　在华北地区建成了具有国际先进水平的水资源试验基地，配有大型地中蒸渗仪及其配套观测设施，在五个实验基地及四个野外实验点进行了连续数年的观测实验，提出了华北地区“四水”转化系统及数学模型；提出的区域水资源总量的概念和计算通式，在国内外同类成果中属首创。　　还开展了“水利与国民经济发展的关系研究”、“全国水中长期供求计划”、“全国灌溉面积发展规划”、“全国水资源公报”、“北方地区水资源公报”的工作，进行了“水资源水环境决策支持系统初步设计研究”、“北方地区水资源预测系统可行性研究”等研究工作。为政府部门的宏观决策提供了重要的决策支持。　　2.水环境监测评价研究　　水环境问题是我国水三大问题之一。为解决水污染和治理进行了大量的研究，承担了大量社会公益型工作。国环境状况公报”中的水环境部分，水利部发布的“中国水资源公报”中的水资源质量部分以及主编“中国地表水资源质量年报”，每月编发“全国水环境状况通报”，每旬编发“全国重点城市主要供水水源地水资源质量旬报”，为领导部门提供了可靠的基础数据进行了大量的水环境的基础研究，其中包括水环境监测数据统计方法与信息识别研究、不同形态有机磷促进湖泊富营养化机理研究、土壤水中不同形态铝的迁移转化规律研究、土壤酸中和容量研究、有机粘土矿物及改性土壤在污染防治和环境修复中的作用机理研究、我国中东部酸沉降研究、河流有机污染物降解规律研究、全国水资源质量变化趋势研究、国家级水环境监测标准参考物质的研究、水环境质量动态预警预报系统的研究、江河排污总量控制技术研究、水环境监测网地理信息系统的建立与利用技术研究，并进行了全国水环境监测实验室日常质控和监督。　　3.支持农业科技进步　　多年来在农业高产、高效、优质灌溉新技术研究方面，开展了喷灌、滴灌、低压输水管道，涌流灌、渠道防渗、辐射井、橡胶坝、暗管排水及泵站和农村小水电改造等方面的研究工作，提出了有创新的实用技术，在实际中取得了重要成果，不少项目列入国家级推广项目。其中：在“节水农业技术研究与示范”攻关项目中，院承担了“喷、微灌设备的研制与改进”和“田间节水灌溉新技术”两个专题，都已完成攻关任务，取得了重大科研成果，为产业化开发和规模化生产奠定了良好的基础。其中：研制和改进了10种喷微灌设备，完成的样机已进入田间考核和批量生产。在结构、型式、材料、工艺及性能指标等方面有较大提高，在技术上有创新和突破。研制完成了波涌灌控制阀及自控器、开发研制的具有压力补偿性能和防止负压堵塞特性的地下滴灌专用滴头已定型生产并获得了国家专利，产品有三种不同流量规格，可满足不同作物需水要求。研究提出的田间节水灌溉新技术包括波涌灌、地下滴灌和激光平地、水平畦田灌等灌水新技术，形成了完整的技术体系，并在北京市昌平区1000亩田间节水灌溉新技术示范区应用。在新疆昌吉地区建立200亩试验示范区。在河北省雄县建立了涉及7个乡（镇）、总面积226.3平方公里的试验研究区。　　4.防灾、减灾研究　　进行了大量的防洪减灾方面宏观、应用性基础研究。如“淮河防洪决策支持