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基于云平台的双向聚类算法在生物信息领域中的应用.pdf

第29卷第4期 科技通报 V01.29No.4 2叭3年4月 BULU巳1rIN0FSCIENCEANDTECHNOLOGY Apr.2叭3 基于云平台的双向聚类算法在 生物信息领域中的应用 孙燕飞 (淄博职业学院,山东淄博255314) 摘要:设计了基于现有云平台的高效分布式双向聚类算法。该算法可以快速、准确地进行双向聚类。 实验结果也进一步证明分布式双向聚类算法可以高效地完成生物信息数据的聚类工作,具有很好的性 能。 关键词:云平台;云计算;双向聚类;生物信息;分布式 中图分类号:TP3 文献标识码:A 文章编号:1001—7119(20l”04—0143—03 in BasedCloudPlatfom Bioinfomatics Bi—ClusteringAlgoritlunApplicaltion .sun y嘶i 2553 (ZiboVocationalInstitute,Zibo14,China) Abstract:Inthis ofemcient basedonthe cloud dis汹uted附。一way existingpla怕册. paper,design clustedngalgorit}Im The canbe resllltsalso thatdistributedcluste卜 algorithmfast,accuratetwo—wayclustering.Experimentalpmve two—way can the ofbioinfo肿aticsdata has ingalgorithmaccomplishclusteringa190ri山m emciently,aIld900dper|’o册ance. worIds:cloud Key platfb肌;cloudcomputing;bi—clustedng;bio—info瑚atics;distributed 0 引言 现有流行的Had0叩分布式计算框架,分布式完成基因 表达数据的聚类工作,可以大幅度提升算法的执行效 随着生物领域技术的高速发展,DNA切割技术以 率。通过实验也进一步表明,本文提出的算法能够高 及其他微阵列技术产生了大量的基因表达数据,这类 效、快速地完成基因表达数据的双向聚类工作。 数据是通过矩阵方式表达而成的,表示不同的基因在 不同条件下的状态数据。人们通常根据不同的条件将 1双向聚类算法 将不同的基因聚成族群,或者根据不同的基因将不同 的条件属性聚成族群【I】。近些年,研究人员开发出了双 双向聚类算法是通过利用基因表达数据的二维特 向聚类算法,该类算法广泛应用于生物信息领域,针对 征对矩阵数据进行聚类,该聚类结果可以考虑两维数 基因表达数据,从两个维度,即基因维度和条件属性维 据的共同相似特征,从而提高聚类的正确性。下面,对 度进行双向聚类州,可以将部分基因子集以及条件属 双向聚类算法进行详细地说明。 性

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