基于贝叶斯统计的遗传连锁分析方法.pdfVIP

维普资讯 遗 传HEREDITAS (Bejiing)28(9)：1117-1122，2006 技 术 与 方 法 基于贝叶斯统计的遗传连锁分析方法 汤在祥，王学枫，吴雯雯，徐辰武 (扬州I大学江苏省作物遗传生理重点实验室，扬州225009) 摘 要：贝叶斯学派是不 同于经典数理统计 的一个重要学派，其发展 的贝叶斯统计方法在现代科学的许多领域 已有 着广泛 的应用。探讨 了贝叶斯统计在遗传连锁分析 中的应用，包括遗传重组率的贝叶斯估计、遗传连锁 的贝叶斯因 子检验和基于马尔可夫链蒙特卡罗理论的遗传连锁图谱构建 。用编制 的SAS／IML程序进行 了模拟研究和实例分析， 验证了贝叶斯方法在遗传连锁分析中的有效性和实用性。 关键词：贝叶斯统计：重组率；马尔可夫链蒙特卡罗；Metropolis—Hastings算法 中图分类号：Q348 文献标识码 ：A 文章编号：0253—9772(2006)09一l117—06 BayesianStatistics-BasedMethodforGeneticLinkageAnalysis TANGZai-Xiang，WANG Xue-Feng，W UWen-Wen，XUChen-Wu JiangsuProvincialKeyLaboratoryofCropGeneticsandPhysiology,YangzhouUniversity,Yangzhou225009，China) Abstract：BayesianSchooIasoneoftheimportantstatisticaIschoolsISdifferentfr0m theClassicaIStatistics．and the Bayesian methods have been widely used in many fields ofmodern sciences．In the presentpaper，we discussed the application of Bayesian method in linkage analysis， including the Bayesian estimation of recombinationfraction，linkagetestingbasedontheBayesFactorandtheBayesianapproachforgeneticlinkage mapconstructionviaMarkovchainMonteCarloalgorithm ．Simulationstudyandrealdataanalysiswereperformed usingSAS／IMLsoftware，andthevalidityandpracticabiliytofBayesianmethodingeneticlinkageanalysiswere thusverified． Keywords：Bayesianstatistics；recombinationfraction；MarkovchainMonteCarlo；Metropolis—Hastingsalgorithm 统计分析在科学研究的各个领域有着广泛的应 和 Robe,sG引【、ChibS和 GreenbergE【】以及Hastings 用，但大多数的研究人员常使用经典的统计分析方 w K【¨详 细 阐述 了马尔可 夫链 蒙特 卡罗理 论 法，包括：遗传假设测验、参数估计等。这些经典数 (MarkovchainMonteCarlo：MCMC)、Gibbs抽样以及 理统计方法在多数情况下是十分有效的。然而，近年 Metropolis—Hastings(MH)算法，使得贝叶斯统计方法 来随着现代统计学、决策学、医疗诊断学、分子生 能够很好地实现并获得广泛应用。MCMC方法，可 物学、基因组学以及生物信息学等