基于单标记与单倍型的肉牛全基因组关联分析.pdfVIP

GeneticPolymorphismAnalysisofH-FABPGeneinSujiangSwine ZHUShu-bin1,2 ZHOUChun-bao2,3 ZHAOXu-ting2, HanDa-yong2,3NILi-gang2,3,LIBi-chun1,Taoyong2,Zhangling2 1.CollegeofAnimalScienceandTechnology,YangzhouUniversity,JiangsuYangzhou225009;2.JiangsuAnimalHusbandryand VeterinaryCollege,Taizhou225300,China;MationalJiangquhaiPigBreedConservationFarm Abstract:Polymorphismofheartfattyacid-bindingprotein(H-FABP)geneanditscorrelationwithmeatqualityinJiangquhai swinewerestudied.PCR-RFLP(Hinf Ⅰ,HaeⅢ,Msp Ⅰ3kindsofrestrictionenzymes)andmolecularmarkertechniqueswereused inthestudyandthegeneticvariationofH-FABPgene5′ -upstreamregionandsecondintronin40Sujiangswinewasanalyzed. TheresultsindicatedthattherewaspolymorphisminlocioftheHinf Ⅰin5′-upstreamregionwiththreegenotypes (HH/Hh/hh),andthefrequencyofalleleHwas0.6116,showingmoderatepolymorphism(PIC=0.3622).Thegenefrequenciesand genotypefrequenciesofpigstestedhavereachedtheHardy-Weinbergequilibrium(P＞0.05). Keywords:SujiangSwine;H-FABPgene;PCR-RFLP 基于单标记和单倍型的肉牛全基因组关联分析 吴洋1，齐欣1，樊惠中1， 朱淼1，王延晖1， 朱波1,2， 张路培1，李俊雅1， 高会江1 1.中国农业科学院北京畜牧兽医研究所，中国农业科学院肉牛研究中心， 农业部畜禽遗传资源与利用重点开放实验室，北京1001932.河北农业大学，保定071000 摘要：近年来随着高通量测序技术的飞速发展，使得通过SNP与数量性状之间的关联分析来实现基因的精细定位成为可 能。这项技术不仅在人类疾病应用方面实现了巨大突破，其他经济动物全基因组关联研究也飞速发展。相比于单标记分 析，全基因组单倍型分析为研究提供了一个新的思路。一些结果表明，一个单倍型可能组成一个大等位基因，从而在数 量性状的表型变化中起着重要作用。本研究基于illuminaBovineSNP50(54K)和BovineHD(770K)两款芯片数据，同 时采用基于单标记和单倍型的全基因组关联分析两种方法对内蒙古乌拉盖管理区的942头育肥肉牛的里脊重以及金钱键 两个重要的经济性状开展了全基因组关联分析的研究。研究结果表明，这两种方法同时定位到了相近的区域，一些潜在 的显著SNP位点和相关基因被找到。 关键词：牛基因组;全基因组关联分析;单倍型;单核苷酸多态性 论文集 动物血液采集和DNA提取，均采用常规的方法。再进行分析之前我们采用的如下的质量控制标准： (1)个体的筛选：SNP基因型缺失率小于5％，孟德尔遗传错误率小于5％；(2)SNP位点的筛选： 分型成功率大于95％，最小等位基因频率大于5％，达到哈迪．温伯格平衡检验(P10．6)。 1．3单倍型块构建算法 这里，采用PLINK软件默认的单倍型块计算方法。即基于标准的EM算法，计算相邻标记之间的 r2值，具体公式在方程(2)中被列出。在本次研究中，我们将连锁的单倍型参考阈值设为O．8。值得一 提的是，只有临近的和连续组合的SNP被划分进入单倍型中。那些单一的，与周围SNP连锁不紧密的 标记在分析中被剔除掉。