家蚕正反交SAGE表达的分析.pdfVIP

家蚕正反交SAGE 表达分析 1 1 1 1 1,2 *1,2 张彩霞 鲍忠赞 周前凯 魏广兵 徐世清 司马杨虎 (1.苏州大学基础医学与生物科学学院;2.苏州大学国家现代丝绸工程实验室) 家蚕的许多遗传性状表现正反交有显著差异的现象，对家蚕杂交育种和杂交组合的组配有 很多影响，但对家蚕的正反交现象的遗传机制至今还没有被彻底研究清楚。本研究拟利用SAGE 技术研究家蚕正反交子代间的差异基因，为进一步研究家蚕的正反交现象的遗传机制提供参 考。获得以下研究结果： 以7532 和75N 作为亲本的正反交子代的雌雄个体，采用了SAGE 技术构建了4 个文库，即 以7532 和75N 作为亲本的正反交子代的雌雄个体，测序后分别得到了3 670 669, 3 538 447, 3 732 915, 3 759 951 个SAGE 标签，经过筛选后共得到了14 360 159个干净的标签 clean tags）。通过统计学上的分析后得出低表达的标签是占大多数，而高表达的tags 在数量上仍 然是占绝对优势的。这就类似于在生态系统中不同物种的种群数量的分布情况，在典型的生态 系统中某些物种的个体数量是非常丰富，而大多数物种的数量是很少的。 利用SeqMap 技术对这四个样本库进行了标签比对，可以看出高拷贝数的标签比对上已知 表达序列的可能性比 高。而大多数未知的标签，尤其是那些拷贝数是一的标签，比对到已知 表达序列的可能性很低。基于本实验的目的，即筛选同性别正反交子代间的差异基因，确定 log2Ratio 值要不小于 1 且FDR ≤ 0.001 做为判断两个基因是否具有显著差异的两个条件。 在雄性子代的比 样本中得到344 个具有显著性差异的基因，在雌性样本中得到了693 个具有 显著性差异的基因，并对这些基因做了上、下调的分析。进一步利用WEGO 分别对这些DEGs 显 著性差异的基因）进行了GO 功能分析，并且同时采用KEGG 方法研究DEGs 富集在哪些代谢路 径中。综合这些分析得到，metabolic and oxidative phosphorylation and signaling 在 anti-cross (7532♀×75xin ♂) offspring 中要强于 orthogonal (75xin♀×7532 ♂) offspring，因此可以推测anti-cross (7532♀×75xin ♂) offspring 能够很快的做出生理上 的调整抵抗外界的压力并很快的适应周围的新环境；签于此也就不难理解大部分被用来合成丝 蛋白的物质会减少，而这也与在高温情况下饲养正反交子代有关生物学性状的调查得到的实验 统计学结果是相一致的，即 anti-cross (7532♀×75xin ♂) offspring 中茧的生成量比 orthogonal (75xin♀×7532 ♂) offspring 轻。 通过家蚕正反交子代同性别之间比 得出的差异表达基因的分析，在4 个样本中我们得出 丝氨酸蛋白酶和丝氨酸蛋白酶抑制剂蛋白，这些小分子量的蛋白在保护茧丝蛋白的方面起到了 作用，可以防止细菌引起的蛋白水解。另外，the heat shock proteins, cecropin B precursor, catalase, Cu/Zn-superoxide dismutase, glutathione peroxidase 这些基因在这4 个样本 中也被发现，这种情况的发生和家蚕经过高温处理后的反应是一致的。进一步分析发现大多数 经过高温处理的家蚕子代的大多数基因在male and female of 7532♀×75xin ♂中是上调的， 通讯作者：司马杨虎 1962-），男，苏州大学，教授，博士，从事家蚕遗传及育种学的科学研究工作。 128 通过差异基因的功能分析后得到参与 metabolic pathways and oxidative phosphorylation pathway 的基因在offspring of 7532♀×75xin ♂中是上调的。同样得到参与信号传导的一些 基因在 offspring of 7532♀×75xin ♂中也是上调。这些现象有可能说明了 offspring of 7532♀×75xin ♂在高温处理这样一