测序技术大比拼20090329.docVIP

测序技术大比拼 消息来源： ?深度测序技术（Deep sequencing technology）可能很快就能和现有的某些芯片技术一较高下了。但目前科研界对这两项技术前景的看法并不一致，究竟哪种技术更好，应用范围更广泛还没有定论。 ?本文将就以下几个方面进行相关探讨? ?1 两款新型测序仪——Polonator与HeliScop ?新一代测序技术（Next-generation sequencing, NGS）正以它强大的测序能力风靡整个科研界。仅仅2008年，就有两款全新型测序仪面世，一款是美国Danaher Motion公司推出的Polonator，另一款是美国Helicos公司的HeliScop。与其它新一代测序仪一样，这两款测序仪也因其测序快速、测序费用低廉而备受好评，也因此被测序界誉为革命性的、突破性的成果。这两款产品不仅能实现人们期待已久的个体基因诊断和个体化用药治疗，更有分析家认为，它们将取代功能类似的芯片类产品。 ? ?2 新型测序技术平台 ?自从2005年454 Life Sciences公司（2007年该公司正式被Roche收购）推出了454 FLX焦磷酸测序平台（44 FLX pyrosequencing platform）以来，曾推出过3730xl DNA测序仪（3730xl DNA Analyzer）的Applied BioSystem（ABI）这家一直占据着测序市场最大份额的公司的领先地位就开始动摇了，因为他们的拳头产品毛细管阵列电泳测序仪系列（series capillary array electrophoresis sequencing machines）遇到了两个强有力的竞争对手，一个是2006年美国Illumin公司推出的Solexa基因组分析平台（Genome Analyzer platform），另一个是2007年ABI公司推出的新产品SOLiD测序仪（见表1）。 ? ? ? ?目前，尽管这些测序仪的价格相对来说还比较昂贵，也都存在一次测序序列长度短于传统毛细管阵列电泳测序技术的问题。 ?不过，这些所谓“深度测序”技术具有快速、高通量、高准确性等优势，使得人们能够1)??? 对转录本进行测序；2)??? 在全基因组范围内对染色质免疫沉淀（ChIP）的结果进行测序；3)??? 能够进行基因拷贝数分析以及进行代谢组学的研究等等。 ?2008年《自然-方法》（Nature Methods）杂志上报道了一项由澳大利亚昆士兰大学（University of Queensland, Australia）Sean Grimmond研究小组开展的工作。他们借助ABI公司的SOLiD测序仪开发出了一种新的RNA测序方法。使用该方法，他们得以对小鼠胚胎干细胞分化前后的转录组进行比较，弥补了传统测序法在转录组测序方面的不足之处。 ?新一代测序技术对于分析ChIP试验（在基因组范围内找出能和某些蛋白质相互作用的DNA序列、位点）结果来说也是非常实用的。2007年6月，美国斯坦福大学（Stanford University）David Johnson研究小组和美国加州理工学院（California Institute of Technology）的Barbara Wold研究小组合作，使用Illumin公司的Solexa测序仪开发出一种高通量的专门用于分析转录因子结合位点的新方法。他们使用该方法发现了1946个人类基因组中神经元限制性沉默因子（neuron-restrictive silencer factor）的结合位点。 ?深度测序技术不仅能与传统的毛细管电泳Sanger测序法竞争，也能和基于芯片的测序技术，例如Affymetrix公司以原位光刻专利技术合成的寡核苷酸芯片（photolithographically synthesized oligonucleotide chips）测序技术和Illumina公司独特的光纤维微珠芯片（oligo bead arrays coupled to optical fibers）测序技术竞争，后两项技术是目前基因组测序相关领域最先进的技术。 ?3 多样化的市场 ?目前，大多分析家都无法相信新一代测序技术能完全取代目前的芯片测序技术。不过，有些分析家也的确认为芯片测序技术正面临着挑战，他们认为到了2012年新一代的测序技术将会带来高达2.15亿美元的产值。 ?2006年，整个芯片测序市场大概价值8亿美元，其中65%的市场份额都是有关基因表达谱分析产品的，剩下35%的市场份额则由基因型分析芯片占据。不过美国哈佛大学（Harvard University）遗传学教授George Church（正是他的实验室开发了Polonator测序仪）认为，这部分市场也会受到