鼠伤寒沙门菌PFGE分型及溯源.docVIP

鼠伤寒沙门菌PFGE分型及溯源 用脉冲场凝胶电泳（PFGE）分型技术，研究四川省2007年鼠伤寒沙门菌分子流行病学,查找沙门菌污染源,为预测疫情和制定防治措施提供依据。方法 选择Xba I酶对12株鼠伤寒沙门菌全基因组DNA进行酶切，用PFGE对菌株进行分子分型，Bionumerisc 统计软件聚类分析。结果 12株鼠伤寒沙门菌用XbaI 限制性酶切后，分成5个PFGE图谱类型，其中1个PFGE图谱类型有7株菌株，其指纹图谱的相似性达到100％，该型别占分析菌株的58.33%。其余4个PFGE图谱类型分别有2株菌和1株菌。含7株菌的PFGE图谱型中，源于成都市的菌株4株，攀枝花、自贡、内江市的菌株各1株。结论 PFGE分子分型与流行病学资料紧密结合可增强对鼠伤寒沙门菌食源性疾病的溯源和预警。 沙门菌是重要的食源性病原菌, 鼠伤寒沙门菌(S．typhimurium) 是我国引起食物中毒最常见的沙门菌血清型[1]。为掌握鼠伤寒沙门菌在四川省的分布及流行状况，分析比较从不同患者分离到的同一血清型的沙门菌在分子生物学水平的异同及菌株的同源性研究，为传染源追踪和分子流行病学研究及制定防治措施提供依据，对2007年收集的鼠伤寒沙门菌进行脉冲场凝胶电泳（PFGE）分型研究，并结合流行病学调查进行分析，结果报告如下。 1.材料与方法 1.1 菌株来源 12株菌株分别分离自成都市、攀枝花市、自贡市、内江市和达州市各哨点医院的沙门菌感染患者（表1），由四川省CDC进行菌株鉴定及血清学分型。 PFGE用分子质量标准参考菌株为：沙门菌Braenderup血清型全球参考菌株H9812，由PulseNet亚太区网络实验室（香港公共卫生署实验室检测中心）分发，中国疾病预防控制中心传染病预防控制所保存。 1.2 PFGE操作 由中国CDC传染病所国家重点实验室完成，实验过程按中国CDC传染病所沙门菌PFGE标准操作方法进行。取平板上的菌落进行菌体的收集及灌制凝胶块，用蛋白酶K消化和采用XbaI 限制性酶切。脉冲场电泳、染色。 1.3 结果判定 用凝胶成像仪摄取图像，PFGE图谱使用BioNumerices数据库软件处理，用Dice-UPGMA法进行聚类分析，不同菌株的电泳带的相似度用Dice系数表示，（F值×100%）表示，根据聚类结果，按不同菌株的相似性系数进行分型。F值反应不同菌株电泳条带的相似程度，范围在0～1之间, 0表示完全不相关，1表示完全相同，出现不同的条带判定为不同的型。0表示完全不相关,菌株被认为流行病学不相关。当分离菌株为1时，即分离菌株的DNA条带具有100％的相似性时，表明菌株来源完全相同[2，3]。 2结果 12株鼠伤寒沙门菌用XbaI 限制性酶切后，分成了5个PFGE图谱类型，其中1个PFGE图谱类型有7株菌株，其指纹图谱的相似性达到100％，该型别占分析菌株的58.33%。其余4个PFGE图谱类型分别有2株菌和1株菌。PFGE图谱图谱结果见图1。 在含有7株菌的PFGE图谱型中，源于成都市的菌株4株，攀枝花、自贡、内江市的菌株各1株。流行病学调查发现，有2名患者明确主述发病前进食了皮蛋，有3名患者发病前的进食的可疑食物调查不详，见表1。 3 讨论 目前世界各国食源性疾病的发生率仍在人类疾病中占据很大的比例。沙门菌是重要的食源性病源菌之一，在我国鼠伤寒沙门氏菌是沙门菌引起疾病的常见血清型。传统的沙门菌实验室鉴定主要是依据细菌的一些表型特征进行,常用的分型方法有：血清学分型、噬菌体分型和药物敏感性分型等[4]，而这些分型方法只能鉴定到沙门菌的血清型。传统的食源性疾病的流行病学调查基本上是依赖详细评价阳性案例和一批适当的对照，确定调查与特殊疾病的关联因素等来进行[5]，而针对同一血清型的不同来源的菌株要比较在分子生物学水平的异同，了解其分布以及在流行状况的调查，进行传染源追踪时，传统的实验室分离鉴定方法已经不能满足要求。 PFGE方法对细菌分型鉴定则是通过限制性内切酶消化菌株DNA ，经PFGE分离，比较酶图谱来确定菌株的亲缘关系。PFGE分型技术因为具有对细菌整个染色体进行分析、分辨率高、重复性好、结果稳定、易于标准化及操作简单的特点，已成为分子流行病学研究技术上细菌分子分型的“金标准” [2.6]，它突破了仅仅是依靠菌株的表型结构的分型和研究，特别是，PFGE的方法由于可以反映碱基的点突变、插入及缺失等多种变异带来的酶切位点的变化，因此更适合用于沙门菌同一血清型内进一步的菌株分型及溯源[7]，并为流行病学的传染源追踪、菌株的同源性研究提供了一种很好的研究手段。 在食源性疾病暴发或流行时，由于PFGE 方法可以揭示从可疑的原因食品、