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质谱数据分析资源 1 数据库 （1）蛋白质序列数据库： / /sites/entrez?db=Protein http://www.ebi.ac.uk/IPI/IPIhelp.html （2）实验数据： http://www.ebi.ac.uk/pride/startBrowse.do /OPD/ / /data.jsp Adipose Proteome Database: http://proteome.biochem.mpg.de/adipo Organellar Map Database: http://proteome.biochem.mpg.de/ormd/ Body Fluid Database - Seminal: http://proteome.biochem.mpg.de/seminal/ Body Fluid Database - Tear: http://proteome.biochem.mpg.de/tear/ Body Fluid Database - Urinary: http://proteome.biochem.mpg.de/urine/ Red Blood Cell Database: http://proteome.biochem.mpg.de/rbc/ 2 数据分析工具 （1）蛋白质组专家系统：/tools/ 提供的工具链接： Aldente：利用PMF数据鉴定蛋白质，使用了Hough变换来处理图谱，对图谱进行再校正和异常值 排除。提供单机版下载。 FindMod：利用PMF数据鉴定蛋白质中存在的修饰，考虑的修饰是Swiss-Prot数据库中包含的注 释。 FindPept：利用PMF数据鉴定蛋白质，处理非特异性酶切的数据，考虑了化学修饰，翻译后修饰 等因素。 GlycoMod：利用PMF数据预测蛋白质中可能发生的糖基化修饰，鉴定糖肽。 Mascot：商业化的数据库搜索软件，提供PMF搜库，PFF搜库以及混合搜库的功能，网站有大量 的背景知识介绍。网址为：/。 PepMAPPER：PMF数据搜索软件。 PFMUTS：从PMF数据中寻找可能的肽段突变（1~2个）。 ProFound：基于贝叶斯模型的搜库软件。 ProteinProspector：系列搜库软件，包括MS-Fit, MS-Pattern, MS-Digest 等。 Popitam：从图谱数据中寻找未知修饰。 Phenyx：商业化串联质谱数据搜库软件。 OMSSA：开放源码的搜库软件，由NCBI提供。 PepFrag： 搜库软件。 SearchXLinks：搜索修饰、cross-linked的特殊搜库软件。 （2）系统生物学研究所：/software.php提供的连接： S E Q U E S T：/sequest/ 搜库软件SEQUEST的使用资料，十分详 细。还同时提供extractms ，2to3，MS2，SQTSort，DTASelect，DaughterDB，RelEx等工 具的使用说明，可以向网站维护者索要这些工具。 PeptideProphet： /PeptideProphet.php 肽段鉴定结果验 证工具，新的版本已经整合在TPP 中，开放源代码，能够处理现在主流搜库软件SEQUEST、 Mascot，Phenyx，X!Tandem等软件的结果。 SBEAMS：数据库管理系统，开放源码。 （3）蛋白质组共享平台：/tools.jsp 提供了包括数据整理、数据格式转换、搜库、搜库结果分析、数据共享等74个工具: INTERACT: /Interact.php Out2Summary: /out2summary.php Trans-Proteomic Pipeline: /TPP.php Scaffold - Free Viewer: /Scaffold/Scaffold_viewer.htm PrestOMIC: /p/prestomic/wiki/PrestOMIC Human ProteinpediA: Microbial Protein-Protein Interaction Database - MiPPI: Integrated Post-Genomic Data Resource: / Mascot File Parsing and Quantification: RAP, JRAP, RAMP: /rap.php T2Extractor 2.0: /archive/1114637208624/ Peak List Conver