DNA Oligo的QPC纯化.doc

DNA Oligo的QPC纯化 ——OPC纯化技术的全新升级 DNA Oligo的纯化方式最常见的有脱盐、OPC、PAGE和HPLC。脱盐只能去除氨、盐等杂质，而不能有效去除合成过程中产生的短片段，因此一般只能用于普通的PCR反应和测序。OPC不仅能去除短片段，当Oligo的长度在40 bases以内，其纯度与HPLC或PAGE纯化的纯度相当，而且由于简便、快捷，能进行高通量（high-throughput）和自动化（automation）操作，因而受到很多DNA合成公司的青睐。 但OPC纯化也有一个缺点，就是在操作过程中需要一种弱酸脱掉DMT基团，而DNA Oligo在酸性条件下容易脱嘌呤（depurination）。对于脱嘌呤后的碱基，DNA聚合酶不能识别，可能导致PCR扩增后出现碱基缺失或错配。因此，有些公司不推荐OPC纯化用于克隆、突变、基因合成等实验。 赛百盛经过多年的潜心研究，对OPC纯化技术进行了革命性的改进，在此基础上建立了一种全新的纯化技术 ——QPC纯化，终于解决了这一长期令人困扰的难题。研究结果表明，OPC纯化的Oligo脱嘌呤的发生率最高时可达30%，而QPC纯化的脱嘌呤发生率不到3%。因此用QPC纯化的Oligo出错率大大减少，对于长度在60 bases以内的Oligo的纯化效果非常好。 反相（RP）纯化 ——可替代PAGE纯化的Oligo纯化技术 对于长度在60 basse以内的普通DNA Oligo，PAGE纯化与QPC(60 bases时)纯化的纯度相当。当长度超过60 bases时，PAGE纯化得到的纯度更高。但PAGE纯化耗时、耗力，尤其是PAGE电泳时间和泡胶所需的时间这两个因素，大大制约了DNA Oligo的出货速度；更为严重的是，随着长度的增加，5’端出现碱基缺失的机率愈大，但PAGE纯化时并不能确定切下的DNA条带是否是完整序列（全长片段），因而您得到的长链Oligo有可能出现5 赛百盛公司最新开发的反相（RP）纯化技术很好地解决了这个问题。反相纯化与QPC纯化或OPC纯化的原理相似，都是基于DMT-on的纯化，但是经过特殊处理的反相纯化树脂对带有DMT基因的Oligo亲和力更强，而短片段及其它杂质更易被洗脱。因此，不仅保证最终得到的产物是全长片段，而且长链Oligo的出货时间也从PAGE纯化的3-4个工作日缩短为1-2个工作日。 经全基因合成验证，本公司自动纯化（QPC纯化或反相纯化）的DNA Oligos正确率高。合成长度约1kb的基因，从8个克隆中可以挑选到5个左右完全正确的基因序列，因此适用于克隆、定点突变、基因合成等实验。 以本公司最近合成的一条826 bp的基因为例： 基因序列 GTGAGTTAGCTCACTCATTAGGCACCCCAGGCTTTACACTTTATGCTTCCGGCTCGTATGTTGTGTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTTCACACAGGAAACAGCTATGGCTAGCAAAGGAGAAGAACTTTTCACTGGAGTTGTCCCAATTCTTGTTGAATTAGATGGTGATGTTAATGGGCACAAATTTTCTGTCAGTGGAGAGGGTGAAGGTGATGCTACATACGGAAAGCTTACCCTTAAATTTATTTGCACTACTGGAAAACTACCTGTTCCATGGCCAACACTTGTCACTACTTTCTCTTATGGTGTTCAATGCTTTTCCCGTTATCCGGATCATATGAAACGGCATGACTTTTTCAAGAGTGCCATGCCCGAAGGTTATGTACAGGAACGCACTATATCTTTCAAAGATGACGGGAACTACAAGACGCGTGCTGAAGTCAAGTTTGAAGGTGATACCCTTGTTAATCGTATCGAGTTAAAAGGTATTGATTTTAAAGAAGATGGAAACATTCTCGGACACAAACTCGAGTACAACTATAACTCACACAATGTATACATCACGGCAGACAAACAAAAGAATGGAATCAAAGCTAACTTCAAAATTCGCCACAACATTGAAGATGGATCCGTTCAACTAGCAGACCATTATCAACAAAATACTCCAATTGGCGATGGCCCTGTCCTTTTACCAGACAACCATTACCTGTCGACACAATCTGCCCTTTCGAAAGATCCCAACGAAAAGCGTGACCACATGGTCCTTCTTGAGTTTGTAACTGCTGCTGGGATTACACATGGCATGGATGAGCTCTACAAATAA 用GeneIOSTM软件设计的DNA Oligos Ampli