自然感染病死猪PCV2基因型重组株的鉴定.pdfVIP

２０１３ 年中国畜牧兽医学会兽医病理学分会 暨中国病理生理学会动物病理生理学专业委员会学术研讨会论文集 自然感染病死猪ＰＣＶ２基因型重组株的鉴定 杜谦，邵萌，黄勇，童德文∗ （西北农林科技大学动物医学院，杨凌，７１２１００） 摘要：猪圆环病毒２型（ＰＣＶ２）不同毒株的共同感染和基因重组是其持续进化的先决条件。 本研究于２０１０～２０１２年从陕西 不同地区采集了临床病死猪的肺脏和淋巴结样品，ＰＣＲ鉴定其是否感染ＰＣＶ２，利用ＰＣＶ２ａ和ＰＣＶ２ｂ 的基因型特异性引物 经ＰＣＲ鉴定基因型，设计ＰＣＶ２ 特异性引物扩增 ＰＣＶ２全长，测序并利用 Ｃｌｕｓｔａｌ Ｘ，Ｍｅｇａ ｓｏｆｔｗａｒｅ，Ｓｉｍ⁃Ｐｌｏｔ ｐｒｏｇｒａｍ，ＮＣＢＩ ＢＬＡＳＴ和ＢｉｏＥｄｉｔ Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ａｌｉｇｎｍｅｎｔ Ｅｄｉｔ等软件分析其序列。 ＰＣＲ鉴定发现，共有３２头病死猪感染ＰＣＶ２，其中１５头同时 感染有ＰＣＶ２ａ和ＰＣＶ２ｂ。 将数次测序结果一致的１３例样品经序列分析发现，这些毒株均为ＰＣＶ２ａ和ＰＣＶ２ｂ重组株。 进 一步分析发现，这些重组株均为ＰＣＶ２ａ和ＰＣＶ２ｂ通过两种方式重组而来，且重组主要发生在病毒的ＯＲＦ２序列。 重组模式 １有３例，重组模式２有 １０例。 本研究证明ＰＣＶ２ａ和ＰＣＶ２ｂ 的重组主要发生在病毒Ｃａｐ蛋白的编码区域，且在此区域以 不同模式发生重组获得不同重组毒株，同时提示在共感染有ＰＣＶ２ａ和ＰＣＶ２ｂ 的病死猪中重组发生的概率较高。 关键词：ＰＣＶ２；ＰＣＶ２ａ；ＰＣＶ２ｂ；重组；猪 Ｅｖｉｄｅｎｃｅ ｆｏｒ ｄｉｆｆｅｒｅｎｔ ｐａｔｔｅｒｎｓ ｏｆ ｎａｔｕｒａｌ ｉｎｔｅｒ⁃ｇｅｎｏｔｙｐｅ ｒｅｃｏｍｂｉｎａｔｉｏｎ ｂｅｔｗｅｅｎ ｔｗｏ ＰＣＶ２ ｐａｒｅｎｔａｌ ｓｔｒａｉｎｓ ｉｎ ｔｈｅ ｆｉｅｌｄ ＱｉａｎＤｕ，Ｍｅｎｇ Ｓｈａｏ，Ｙｏｎｇ Ｈｕａｎｇ，Ｄｅｗｅｎ Ｔｏｎｇ∗ （Ｃｏｌｌｅｇｅ ｏｆ Ｖｅｔｅｒｉｎａｒｙ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ，Ｎｏｒｔｈｗｅｓｔ Ａ＆Ｆ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ，Ｙａｎｇｌｉｎｇ，Ｓｈａａｎｘｉ７１２１００，ＰＲ Ｃｈｉｎａ） Ａｂｓｔｒａｃｔ：Ｃｏ⁃ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ ｗｉｔｈｄｉｆｆｅｒｅｎｔｖｉｒｕｓｓｔｒａｉｎｓｉｓａｐｒｅｃｏｎｄｉｔｉｏｎｆｏｒｇｅｎｏｍｅｒｅｃｏｍｂｉｎａｔｉｏｎ，ｗｈｉｃｈｇｉｖｅｒｉｓｅｔｏｃｏｎｔｉｎｕｏｕｓｅｖｏｌｕｔｉｏｎ ｏｆ ｐｏｒｃｉｎｅ ｃｉｒｃｏｖｉｒｕｓｔｙｐｅ２ （ＰＣＶ２）． Ｉｎ ｔｈｅ ｐｒｅｓｅｎｔ ｓｔｕｄｙ，３２ ＰＣＶ２ ｐｏｓｉｔｉｖｅ ｃｌｉｎｉｃａｌ ｓａｍｐｌｅｓｆｒｏｍ ｔｈｅ ｄｉｓｅａｓｅｄ ａｎｄ ｄｅａｄ ｐｉｇｓｗｅｒｅ ｉｄｅｎｔｉｆｉｅｄ ｂｙ ｃｌａｓｓｉｃＰＣＲ． １５ｏｆ ３２ （４６８％）ｃｌｉｎｉｃａｌ ｓａｍｐｌｅｓｗｅｒｅｉｄｅｎｔｉｆｉｅｄａｓｉｎｆｅｃｔｉｏｎｗｉｔｈｂｏｔｈＰＣＶ２ａａｎｄＰＣＶ２ｂｕｓｉｎｇｇｅｎｏ⁃ ｔｙｐｅ⁃ｓｐｅｃｉｆｉｃ ＰＣＲ． １３／ １５ ｏｆ ＰＣＶ２ｓｔｒａｉｎｓｗｅｒｅｉｄｅｎｔｉｆｉｅｄａｓｒｅｃｏｍｂｉｎａｎｔｓｕｓｉｎｇｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇａｎａｌｙｓｉｓ，ｐｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃａｎａｌｙｓｉｓ，ｒｅｃｏｍｂｉ⁃ ｎａｔｉｏｎ ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ ｐｒｏｇｒａｍ ａｎｄ ｂａｓｅ⁃ｂｙ⁃ｂａｓｅｃｏｍｐａｒｉｓｏｎ． Ｆｕｒｔｈｅｒ ａｎａｌｙｓｅｓｏｆ ｔｈｅｆｕｌｌ⁃ｌｅｎｇｔｈ ｓｅｑｕｅｎｃｅｓｏｆ ｔｈｅｓｅ ｓｔｒａｉｎｓｓｕｇｇｅｓｔｔｈａｔｔｈｅ ｎａｔｕｒａｌ ｒｅｃｏｍｂｉｎａｔｉｏｎ ｅｖｅｎｔｓ ｏｃｃｕｒｒｅｄ ｂｅｔｗｅｅｎ ｓｔｒａｉｎｓ ＤＱ１０４４２３ （ＰＣＶ２ａ） ａｎｄ ＡＹ５７９８９３ （ＰＣＶ２ｂ），ｙｉｅｌｄ ｔｗｏ ｎｅｗ ｒｅｃｏｍｂｉｎａｎｔ ｃｌｕｓｔｅｒｓ ｔｈｒｏｕｇｈ ｄｉｆｆｅｒｅｎｔ ｒｅｃｏｍｂｉｎａｔｉｏｎ ｐａｔｔｅｒｎｓｗｉｔｈ ｃｒｏｓｓｏｖｅｒ ｒｅｇｉｏｎｓ ｌｏｃａｔｅｄ ｉｎ ＯＲＦ２． Ｒｅｃｏｍｂｉｎａｎｔ ｃｌｕｓｔｅｒ １ｉｎｃｌｕｄｅｄ ３ ｓｔｒａｉｎｓ， ａｎ