Evaluating the Discriminatory Power of DNA Barcodes in Panicoideae, Poaceae.pdfVIP

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2017-08-11 发布于湖北
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JournalofAgriculturalScienceandTechnologyB4(2014)533—544 Earliertitle：JournalofAgriculturalScienceandTechnology，ISSN 1939—1250 EvaluatingtheDiscriminatoryPowerofDNA Barcodes ■ 一 ■ 。。 ■’ inPanIcoideae， oaceae JeongranLee，Chang—SeokKim andIn—YongLee DepartmentofCropLifeSafety,NationalAcademyofAgricuhuralScience，RuralDevelopmentAdministration，Suwon441—701 RepublicofKorea Received：June11，2014／Published：July20，2014 Abstract：DNA barcodingisapowerfultechniqueforspeciesidentificationwithlittlemorphologicalknowledge，byusingshort sectionsOfDNA from aspecificregionofthegenome．Twocorebarcodemarkers，rbcL andmatK，andasupplementarynuclear ribosomalinterna1transcribedspacerregionwereusedtoexaminetheeffectivenessofthemarkersforPoaceaebarcodingusing133 individualsof36taxaacross23generaofKoreanPanicoideae．WealsoaimedtoestablishaDNAbarcodedatabaseofrthemajor weedsofKoreanPanicoideae．AIlthreemarkersrevealedagoodlevelofamplificationandsequencingsuccess．AsasingleDNA marker，theITSregionachievedthehighestspeciesresolution，followedbymatK．ResolvingpowerwasincreasedwhennrlTSwas incorporatedintothecorebarcodemarkers．ThebestresolvingpowerwasobtainedwithacombinationofmarK +ITSwith89．7％， ofllowedbv cL + matK + ITS with 89．3％．Thus．rbcL maybenotnecessary asa DNA barcodeofrPanicoideae species identification．whenconsideringcostandeffectiveness．Instead。acombinationofmarK +ITSisproposedasthemostsuitableDNA barcodeofrthespeciesidentificationofPanicoideae．Poaceae．W econcludethatDNAbracodingusingacombinationofmatK +ITS couldbeoneofpowerfultechniquesofrtheidentificationofPoaceaespecies．ThebarcodesequencesweredepositedtotheNational CenterforBiotechnologvInofrmation(NCBI)databaseofrpublicuse． Keywords：Plantbarcode，Poaceae，corebarcodemarkers，nrlTS，resolvingpower 1．Introduction from other families，it isdifficultto identify the specieswithin the f