密码子偏好性分析.pdfVIP

Online system: 业 生 物 技 术 学 报 Journal of Agricultural Biotechnology 2013, 21(10):1135~1144 DOI: 10.3969/j .issn.1674-7968.2013.10.001 研究论文 Article 猪脂多糖结合蛋白基因(LBP) 的密码子偏好性分析 1 1 1 1 1 1,2 1,2* 吴正常 王靖 赵乔辉 朱世平 訾臣 吴圣龙 包文斌 1扬州大学动物科学与技术学院，江苏省动物遗传繁育与分子设计重点实验室，扬州225009；2 江苏省现代种猪分子选育工 技术研究中心， 常州213149 *通讯作者，wbbao@ 摘 要 脂多糖结合蛋白(lipopolysaccharide-binding protein, LBP)是机体识别革兰氏阴性菌内毒素并启 动免疫反应的关键因子。为了了解LBP 基因的密码子使用特性，为其选择合适的受体动物以及最佳外源 表达系统提供依据，本研究运用CHIPS 、CUSP 和CodonW 在线程序分析自主电子克隆的猪(Sus scrofa ) LBP 基因(GenBank 登录号: NM-00 1128435.1)的密码子偏好性，并与猪8 种抗病相关基因、模式生物基因 组以及其他物种LBP 基因相比较。结果表明，猪LBP 基因大部分偏好使用以G/C 结尾的密码子，27 种偏 好密码子(相对使用度(RSCU) ＞1)中偏好性较强的有GCC、CAC 、CTG 和TCC(RSCU 2) ，而猪8 种抗病 相关基因有23 种偏好密码子，全部以G/C 结尾，并且偏好性较强的密码子有GCC、ATC、CTG 和GTG ；通 过比较14种动物的LBP 因密码子偏好性，发现14个物种的LBP 基因表达水平一般，并且都偏好以G/C 结尾的密码子；聚类分析发现，偶蹄目猪与2 种食肉目动物(猫(Felis catus)和狗(Canis))聚为一类，与系统 分类关系不一致；在密码子的使用频率上，猪LBP 因与小鼠(Mus musculus)基因组的差异小于大肠杆菌 (Escherichia coli)和酵母菌(Saccharomyces)等2 种模式生物基因组，故小鼠更适合作为该LBP 因的外源表 达宿主。本研究结果为LBP 基因在动物遗传改良中选择合适的受体动物、选择最佳的外源表达系统以及 提高其表达水平提供一定的理论依据。 关键词 猪，脂多糖结合蛋白基因(LBP) ，密码子偏好性 Analysis of Codon Bias of Lipopolysaccharide- binding Protein Gene (LBP) in Pigs Sus scrofa) ( WU Zheng- Chang1 WANG Jing1 ZHAO Qiao- Hui1 ZHU Shi- Ping1 ZI Chen1 WU Sheng- Long1,2 BAO Wen-Bin1,2* 1 Animal Science and Technology College, Yangzhou University, Key Laboratory for Animal Genetics, Breeding, Reproduction and Molecular Design of Jiangsu Province, Yangzhou 225009, China; 2 Jiangsu Engineering Research Centre for Molecular Breeding of Breeder Pig, Changzhou 213149, China *Corresponding author, wbbao@ Abstract Lip