同步辐射在结构生物学应用.pdfVIP

2008年华东生物物理学与分子生物学学术会议 同步辐射在结构生物学中的应用 高增强，侯海峰，董宇辉+ 中国科学院高能物理研究所北京同步辐射装置，北京市玉泉路19号，100049 }email-dongyh@ihep．ac．cn 获得蛋白质等生物大分子的结构是结构生物学的中心问题。目前解析生物大分子结构的方法有蛋白质 晶体学、核磁共振和冷冻电镜三种主要方法。其中蛋白质晶体学是最常用和最准确的方法，在蛋白质数据 Data 库(ProteinBank，PDB)中收录的结构中，85％的结构是由蛋白质晶体学的方法获得的。核磁共振方 法能够确定蛋白质在溶液中的结构以及在蛋白质动态结构研究中具有独特的优势，虽然这种技术受到分子 量的限制，也确定了大约14％的结构。冷冻电镜虽然获得的结构分辨率一般不如上两种技术，但是在诸如 病毒、蛋白质复合体等复杂体系的结构研究中具有优势，在结构生物学中的重要性日益增加。 作为最常用的结构解析方法，蛋白质晶体学方法的完善催生了结构生物学这门学科。由于蛋白质晶体 的质量远远不如小分子化合物晶体，相位解析的难度由于蛋白质结构的复杂性也远远超出小分子晶体，所 以同步辐射这样的具有高强度、良好平行度和波长连续可调的光源成为获得蛋白质结构的理想光源。 同步辐射具有很高的强度，即使是第一代装置，强度也比转靶X光机至少高100倍，而先进的第三代 装置的亮度比第一代的更要高一万倍以上。使得蛋白质晶体这种衍射强度很弱的晶体也能容易的获得满意 的信号，并且数据采集的效率得到极大的提高。同时同步辐射良好的平行度使得蛋白质晶体这种结晶质量 很差的晶体也能够得到高质量的数据。 同步辐射还提供了解析全新蛋白结构所需要的反常散射方法，包括多波长反常散射和单波长反常散 射，这些方法是解析蛋白质衍射相位的关键。早期的蛋白质结构解析依靠的是同晶置换法，由于必须制备 多种重原子同晶置换晶体，使得结构解析工作量很大，结构解析周期很长。随着同步辐射光源的应用，分 子生物学提供的硒代蛋白表达等手段，以及完善的探测器、样品冷冻、数据处理等软件的发展，使得得到 解析的蛋白质结构数目呈指数增长。 然而蛋白质晶体学的瓶颈问题仍在于必须获得晶体。核磁共振技术和冷冻电镜(尤其是单颗粒重建技 术)不需要晶体，成为蛋白质晶体学有效的补充。但是核磁共振方法受到分子量的限制，冷冻电镜单颗粒 重建技术能够达到的分辨率不高。同步辐射提供了小角散射这种新的技术来解决这些问题。 小角散射是一种在测定蛋白质在溶液中结构的技术，虽然它能够达到的分辨率不高，但是和蛋白质晶 体学结合，可以在蛋白质复合体的结构研究中发挥独特的作用，可以避开蛋白质复合体结晶这个困难的环 节，得到原子分辨率的结构，并且实验相对简单，所需时间很短，提供了研究动态过程的可能性。 我们还发展了一种新的相位解析方法，即利用小角散射和晶体学的结合，通过相位迭代的方式来获得 衍射相位。小角散射可以得到蛋白质的外形，然后根据晶体的衍射数据可以确定这个外形在晶胞中的位置 和取向。最后通过相位迭代，我们可以得到准确的衍射相位。这种方法不需要反常散射和同晶置换，而且 可能发展成为今后在自由电子激光上解析蛋白质结构的主流方法。 ．6．