基因序列和基因剪接的关联性分析.pdfVIP

雷静，阮晓钢．基因序列与基因剪接的关联性分析 基因序列与基因剪接的关联性分析1) 雷静 阮晓钢 (北京工业大学电子信息与控制工程学院北京100022) corn E-mail：echox532@eyou 摘要：剪接位点的识别作为基因识别的一个重要环节．是生物信息学领域研究的热点。但由于生物 DNA序列的复杂性，人们不清楚影响剪接行为的具体的序列特征，这一问题仍来得到很好的解决。本 文利用人工神经网络识别方法，通过选取不同的剪接序列样本进行试验分析了供体位点邻近序列对于 剪接行为的影l晌。对基因序列与剪接的关联性进行了深入的研究。这一结果为我们进一步研究剪接位 点识别算法，提高预测准确率提供了很好的参考。 关键词：神经网络，供体位点，基因，剪接位点 of BetweenGene andGene AnalysisRelevancy Sequence Splicing Lei Ruan jhag Xiaogang (ElectronicInformation 100022) Abstract：Asa tacheof site isfocusofbioinformaticsresearch important genefinding，splicerecognition fieldButduetothe ofDNA isn’twellsolvedThisarticlemakes complexitysequence。thisproblem deep researchtothe between and neuralnetwork relationshipgenesequencesplicingthmughexperimentsbyusing andselectdifferent Thisresult US referencesforfurther splicesequencesamples pmvidesgood researching the site the ratio splicerecognitionalgorithm，improvingprediction network，Donor site Keywords：Neural site，Gene，Splice 研究者发现基因剪切联结的位点特异性不只取决 1 引言 于GT-AG信号，还和这个严格保守信号周围的基因 高等真核生物的基冈大多包含一个或多个内 序列有关。也就是说，这些序列存在某种内在机制 含子，这些不编码为蛋白质的区域在基因的DNA 以判断剪接与否。 序列初始转录物pre．mRNA中被剪切掉，以产生成 20世纪90年代以来，各种基于神经网络的方 熟的mRNA，这一过程称为剪接(splicing)。研究 法被用于剪接位点的识别中p“】，其中BP神经网络 表明，绝大多数真核生物的核内基因在其内含子． 是一种相对较好的非线性分类器，可以比