《基因组学》课程总结.docVIP

《基因组学》这门课程主要包含基因组和基因组研究两大部分。基因组部分主要介绍基因组的基础知识，基因组研究重点介绍基因组研究的方法和进展，重点介绍结构基因组、功能基因组和比较基因组的内容。 1 基因组 基因组指一种生物所拥有的整套遗传物质，它包含该生物的全部遗传信息。绝大多数生物都以脱氧核糖核酸（DNA）为遗传物质，仅有一些病毒以核糖核酸（RNA）为遗传物质。DNA是由4种脱氧核苷酸残基按一定顺序彼此用3′,5′-磷酸二酯键相连构成的长链。大多数DNA是由两条多聚脱氧核苷酸链以极性相反，反向平行的方式，由氢键连接而成的双螺旋结构。也有的DNA为单链，如大肠杆菌噬菌体φX174等。有的DNA为环形，有的DNA为线形。RNA一般是单链线形分子构成RNA的核苷中的核糖为2′位非脱氧的OH基，其碱基中没有胸腺嘧啶，只有尿嘧啶。生物进化从低等到高等，从简单到复杂，遗传信息量不断增加，因而基因组也相应不断增大。然而在高等生物进化阶段上述规律不成立，这表明高等生物基因组中存在大量的无用序列。 原核生物基因组通常为一个环状DNA分子，原核生物基因组很小，因而其组织结构十分经济有效，很少含有无用的多余序列。真核生物基因组由多个DNA分子组成，每个皆为双链线形分子。真核生物的每个DNA分子皆与蛋白质结合，构成染色体，染色体上有着丝粒结构，可以进行有丝分裂。真核生物基因组通常比较大，含有内含子序列，有大量重复序列，其表达调控较复杂。真核生物的一个基因在基因组上通常由编码序列外显子和非编码序列内含子组成。DNA转录为RNA后，内含子序列必须切除。外显子通常都较短，内含子的长度可以从很短到非常长。内含子的插入和缺失可造成基因的进化。随着物种进化程度的提高，不仅间断基因的比例增加，而且每个间断基因所包含的外显子（或内含子）数目也增加。 真核生物基因组中存在基因家族与基因簇。我们把来源相同、结构相似、功能相关的一组基因称为基因家族。基因家族的多个成员成串排列，但各基因独立转录表达，不形成多顺反子的mRNA。基因家族和基因簇是通过一系列的重复、易位和突变事件，从一个远古祖先基因进化而来的。真核生物基因组中存在串联重复基因（基因冗余），即一组功能相关的基因串联排列，构成一个重复单位，并在基因组中以多拷贝存在。重复单位可进一步串联在一起构成一个大的基因簇。真核生物基因组中的重复序列包含串联重复序列和散布重复序列。串联重复序列如卫星DNA小卫星DNA和微卫星DNA。散布重复序列如反转录专座元件和转座元件。反转录专座元件分为LTR型反转录专座元件和非LTR型反转录专座元件。真核生物的核基因组一般与组蛋白结合组装成染色体。染色体的着丝粒DNA序列保证染色在有丝分裂时被平均分配到2个子细胞中去，端粒DNA序列保证染色体的独立性和遗传稳定性。 2 基因组研究 基因在生命过程中不是孤立地发挥作用的。如果只是独立地对单个基因进行研究，即使将一个细胞中所有基因的功能都了解清楚，也还是不能阐明生命的复杂现象的。只有对基因组进行研究，才能完整地理解生命的本质。高等生物基因组中，基因只占很小的比重，而大量的是非编码序列和重复序列。虽然目前认为这些序列中大多数是没有功能的，但这种认识可能是不正确的，也许它们其实存在功能。只有对基因组进行研究，才能最终了解它们的生物学意义。 基因组研究的目的是从全局上阐明一种生物中所有遗传信息的组织和功能。基因组研究的内容包括所有水平上遗传信息的加工及基因和基因产物之间的相互作用，以及基因组的比较和进化。基因组研究主要分为结构基因组学，功能基因组学和比较基因组学。 基因组学是以基因组为研究对象的高效的遗传学。与传统的遗传学比较，具有全局性、高效性、综合性和先进性的特点。 2.1.结构基因组学 结构基因组学的主要研究内容包括：基因组作图、序列分析和基因组分析。 2.1.1 基因组作图 基因组作图的目的在于确定界标和基因在构成基因组的每条染色体上的位置，以及同条染色体上各个界标或基因之间的相对距离。作图只能分层次进行，如遗传连锁图、物理图和序列图，按分辨率由低到高逐级作图，而后组装排列出来成整体。遗传连锁图是用遗传模式来描述DNA标记（基因和其他确定的DNA序列）在染色体上的相对位置。物理图标明一些如限制性内切核酸酶切点，单一序列、基因等在DNA分子或染色体上所处位置的图，图距以物理长度为单位，即核苷酸对的数目为单位。 2.1.2 基因组测序与序列的注释 对某个物种基因组核酸序列的测定，最终要确定该物种全基因组核酸的序列，分为全基因组测序和cDNA测序。 DNA测序分为链终止测序法和化学降解测序法。链终止测序法由Sanger等提出，以双脱氧核苷三磷酸（ddNTP）链末端终止法测序为基础，以四色荧光标记的ddNTP为终止剂，被测单链DNA序列上任一核苷酸的位置通过