禽传染性支气管炎病毒分离株S1基因系统进化分析.pdfVIP

禽传染性支气管炎病毒分离株S1基因系统进化分析 杨鑫 王红宁 张毅 曾诚 周英顺 蒋魏 四川大学生命科学学院，动物疫病防控与食品安全四川省重点实验室， 生物资源与生态环境教育部重点实验室，“985工程”西南资源环境与灾害防治科技创新平台 四川，成都610064 对11株2010年分离的IBV分离株的S1基因进行了PCR扩增，建立基于879株IBV的全长S1基因系统 进化树，对11个分离株进行系统进化分析。结果表明：11株分离株均获得了预期大小的目的条带，11株分离株的 S1基因长度介于1614～1620bp之间，A+T的含量介于63.21～63.83％-之间。11个毒株S1基因之间的遗传距离为 0.001～0.328，同源性为78.3～99.9％。建立基于879条IBVS1基因的系统进化树，发现来自全球的879株IBV的 S1基因可以分为5个群 （Cluster Ⅰ-ClusterⅤ），其中我国IBV分离株在clusterⅡ/Ⅳ/Ⅴ中有分布，说明中国是 全球IBVS1基因型最丰富的地区。本研究中的11株IBV毒株分布在ClusterⅤ的3个亚群中，均与其他中国分离 株的亲缘性较近，且多属于疫苗株以外的基因型，提示我国应考虑使用新的与本地株亲缘关系较近的IBV毒株研 发疫苗。本研究丰富了IBV分子流行病学素材，为IBV分子流性病学研究中对新分离株的基因型判定提供科学依 据。 禽传染性支气管炎病毒；S1基因；系统进化树 第三篇疾病防治 1．1毒株 SCMS一4、SCCQ一1由四川大学动物疫病防控与食品安全四川省重点实验室保存。 1．2工具酶与主要试剂 Trizol IIIFirst-Strand Synthesis KOI)-plus一 MS、反转录酶Superscript System购自Invitrogen公司；PCR Marker购自TaKaRa公司。 高保真酶购自删公司：普i嗍A凝胶回收试剂盒购自天根公司；DNA 1．3 s1基因引物设计 ignment分析，在sl 使用DNAStar软件包中的MegAlign程序对GenBank上登陆的IBV序列进行al Premier 基因外侧的保守区用Primer 5．0软件设计引物，扩增产物长度约为2100bp。引物由上海 TGTTGTCGCAAACAGGACC一3’。 1．4 IBV西南分离株s1基因的RT—PCR扩增与序列测定 DNA Kit 回收，天根MasterMix对纯化的PCR产物／EA。使用TaKaRaLigationVer．2，将纯化的)J[IA的DNA片 段与线性化的pMDl9-T载体连接扩增产物克隆后送上海生工生物工程有限公司进行序列测定。 1．5序列分析 用DNAstar软件包、Mega 5软件，使用Clustal 行分析。本研究中获得的1l条Sl序列与Genbank报道的868条全长的S1序列导入Mega w方法进行Alignment}=[,对，再用Neighbor—Joining法建立系统进化树。 2 结果 2．1 S1基因的RT—PCR扩增结果 获得了扩增条带，条带的大小约为2kb左右(图l-)。 m滋呲m m M：DNAladder Ikb：l-11：SC刀一l、 SCZ，．2、SC2J．3、SCZJ-4、SCDY二l、