DNA甲基化检测方法第研究进展_孙贝娜.pdfVIP

综述 生命科学仪器 2009第7卷/4月刊 DNA甲基化检测方法的研究进展 孙贝娜 （生物芯片上海国家工程研究中心，上海 201203） [l] 摘要 DNA甲基化是一种重要的遗传外修饰，是表观遗传学(epigenetics)的重要组成部分 。它参与了动物胚胎发育、 基因印迹和X染色体失活等过程，在基因表达的调控中具有重要作用，异常甲基化可以导致肿瘤的形成。近20年来， DNA甲基化的研究逐渐成为新的研究热点。随着对甲基化研究的不断深人，各种各样甲基化检测方法被开发出来以满 足不同类型研究的要求。本文对目前现有常用的CpG岛甲基化检测方法作一综述，并着重介绍几项以芯片技术为基础 的高通量研究DNA甲基化的方法。 关键词 DNA甲基化；甲基化检测方法；芯片 DNA甲基化是最早发现的基因修饰方式之一， 1.1甲基化敏感的限制性内切酶方法 可能存在于所有高等生物中。DNA甲基化能关闭某些 甲基化敏感的限制性内切酶方法是经典的甲基 基因的活性，去甲基化则可诱导基因的重新活化和表 化分析方法，主要根据一些限制性内切酶不能切开 达。DNA甲基化是一种重要的遗传外修饰，是表观遗 [5] 甲基化的DNA序列 。由于在真核DNA或者哺乳 [1] 传学(epigenetics)的重要组成部分 。它参与了动物胚 动物DNA中，只有CG相连的胞嘧啶能够被甲基化， 胎发育、基因印迹和X染色体失活等过程，在基因表 因此，在酶切位点内包含CG序列的限制性内切酶 达的调控中具有重要作用，异常甲基化可以导致肿瘤 就会遇到问题。这种方法所使用的两个经典酶对是 [2] 的形成 。DNA甲基化与组蛋白去乙酰化协同调节基 HPa II一Msp I(CCGG)和Sma I一 。 因的表达。DNA甲基化可以随着外界环境因素的变化 由于第二对限制酶识别序列非常罕见，所以一般都用 而改变。近20年来，DNA甲基化的研究逐渐成为新 HPaII一Msp I(CCGG)。两个酶都识别CCGG序列， 的研究热点。随着对甲基化研究的不断深人，各种各样 而当其中的胞嘧啶甲基化时，HPaII不能够将其切 甲基化检测方法被开发出来以满足不同类型研究的要 开，利用HpaⅡ-MspⅠ的这种属性处理DNA，这就使 求。因此，探讨甲基化形成与改变的可能机制，建立准 得HPa II一Msp能够作为快速甲基化分析的工具，I 确性高，灵敏度高，操作简单的DNA甲基化检测方法， 随后进行Southern或PCR扩增分离产物，明确甲基 对探讨甲基化调控规律，提高哺乳动物体细胞核移植 [6,13] 化状态 。这是一种经典的甲基化研究方法，其优 [3] 效率、揭示杂种优势的表观遗传学基础意义重大 。在 点是：相对简单，成本低廉，甲基化位点明确,实验结 此对目前现有常用的CpG岛甲基化检测方法作一综述， 果易解释；缺点是：a、由于CG不仅仅限于CCGG 并着重介绍几项以芯片技术为基础的高通量研究DNA 序列中，因此非该序列中的CG将被忽略；b、只 甲基化的方法。 有检测与转录相关的关键性位点的甲基化状态时,该