DNA甲基化分析方法.pdfVIP

《生命的化学》2008年28卷4期 ● 技术与方法 · 489 · CHEMISTRY OF LIFE 2008，28(4) 文章编号: 1000-1336(2008)04-04 89-03 DNA甲基化分析方法 肖正中 邬苏晓 (韶关学院英东生物工程学院，韶关 512005) 摘要：D N A甲基化是表观遗传学的重要研究内容之一。甲基化分析的方法多且研究难度大，各种方法都有其一定 的优势和不足。本文综述了基因组DNA甲基化和特定DNA片段甲基化状态分析方法新进展，为研究者提供参考。 关键词：DNA甲基化；CpG岛；表观遗传学 中图分类号：Q334 DNA甲基化是表观遗传学的重要研究内容之 增产物变性后在6%的序列胶上电泳，最后采用银染 一，它可以在转录水平抑制基因的表达。甲基化通 或同位素放射自显影方法处理序列胶，统计和分析 常发生在胞嘧啶的C5位，形成5-甲基胞嘧啶(5mC)， DNA条带。这种方法在研究动植物基因组甲基化上 甲基化的胞嘧啶多位于CpG岛上。CpG岛是CpG二 [2-6] 有广泛应用 。 联核苷富集区域，CG含量大于50%，长约200~500 bp。 MSAP技术相对其他测定DNA甲基化程度的技 哺乳动物DNA甲基化的模式只有5mC这一形式，真 术有如下优点：(1)不需知道被测DNA的序列信息， 核生物中大约2%~7%的胞嘧啶被甲基化修饰。 在不同生物上具有通用性，可用于DNA序列背景知 1.基因组DNA甲基化分析方法 识未知的生物。(2)操作相对简便，在AFLP技术体系 早期的基因组DNA甲基化分析技术，如SssI甲 的基础无需改进，即可操作。(3)可在全基因组范围 基转移酶分析法、氯乙醛反应法、免疫学抗体技术 检测CCGG位点的胞嘧啶甲基化变化。MSAP技术的 等，已不能满足现代表观遗传学研究的需求。近年 局限性在于不能完成非CCGG位点的胞嘧啶甲基化。 来常用的基因组甲基化分析方法有以下两种。 1.2高效液相层析及相关方法 高效液相层析(high 1.1甲基化敏感扩增多态性技术 甲基化敏感扩增多 能够定量测 态性(methylation sensitive amplification polymorphism, 定基因组整体甲基化水平，其过程是：先将DNA样 MSAP)技术由Reyna-lópez等报道，并被用于检测双 品经盐酸或氢氟酸水解成碱基，水解产物通过色谱 [1] 相型真菌的DNA甲基化 ，它 是在扩增片段长度多 柱，将结果与标准品比较，紫外光测定吸收峰值，计 态性(amplified fragment length polymorphism, AFLP)技 算5mC/(5mC+5C)的积分面积得出基因组整体的甲基 术的基础上建立起来的。其基本程序是：提取高质 [7] 化水平。Fraga等 运用高效毛细管电泳法(high per- 量基因组DNA，分别用EcoRI/HpaII，EcoRI/MspI两 处理DNA水 组酶组合对基因组DNA进行双酶切，并连上相应的 解产物确定5mC的水平，相比HPLC，HPCE更简便、 限制性内切酶的接头，然后以接头序列设计的预扩 快速、经济。HPLC