lecture16-遗传统计-2011-12-28-zuo.ppt

* * * * * * * * * * * * * * 连锁反映了两位点的位置关系，可以通过重组率进行度量，一般基于家系数据。 连锁不平衡描述两位点等位基因间的关联，仅用群体数据即可推断。 * * * * 只能提示有可能-----因为连锁不平衡的产生原因复杂 * * * * * * * * * * * 遗传数据基因定位的统计方法简介 * 小结 基本概念 Hardy-Weinberg平衡 连锁分析：Lods连锁分析 关联分析：群体关联分析 基因型关联分析和等位基因关联分析 连锁与连锁不平衡 * 遗传数据基因定位的统计方法简介 * ……THE END THANK YOU! * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 对于遗传模式的确定，可以通过家系调查，对基因的分离行为进行遗传学分析，即分离分析（segregation analysis），对上一代的基因传到下一代的分离比率进行估计或检验，来确定某性状或遗传病的遗传模式。 * * 奇数次交叉?重组配子 偶数次交叉?非重组配子 * * * * * * 遗传数据基因定位的统计方法简介 * 由于连锁导致的共分离现象只有在家系内部才能观察到，所以，检测连锁必须要有家系调查资料。 * 遗传数据基因定位的统计方法简介 * 2.1 Lods 连锁分析 Lods连锁分析法：log odds score法，即对数优势记分法 这是基于遗传模式（model-based）的连锁分析方法，应已知 要研究性状的遗传模式； 性状控制位点的等位基因数目； 每种基因型的外显率。 * 遗传数据基因定位的统计方法简介 * Lods是指两个位点按某一重组率 连锁时，产生所观察到的家庭的概率与不存在连锁情况下 产生该家庭的概率之比的对数，即 计算不同 下的Z值，对应最大Z值的 即为所求的重组率。 * 遗传数据基因定位的统计方法简介 * 一般地,当 Z 3 时,可以认为存在连锁，相当于P0.001，表示连锁发生的可能性为不发生的1000倍。 连锁重组率 值的意义为: 紧密连锁 松弛连锁 中度连锁 * 遗传数据基因定位的统计方法简介 * 例题： 假定控制某种疾病的位点位于常染色体上，遗传模式为显性，疾病位点上有两个等位基因D和d，引起疾病的等位基因D在人群中很少。同时假定一个标记位点有两个等位基因M和m。 * 遗传数据基因定位的统计方法简介 * 例：研究者通过调查得到一个家庭的数据（如下图所示）。此家庭数据包含三方面的信息。 家庭成员的患病状态 每一成员的标记基因型 成员之间的亲缘关系。 家庭成员的疾病位点的基因型是不能通过实验手段得到的，因为未知疾病位点的位置。 问题：疾病位点是否与标记位点连锁？ 祖父 祖母 父亲 母亲 女儿1 女儿2 儿子1 女儿3 儿子2 Mm mm mm mm mm Mm Mm Mm Mm 假定：P(有病|DD)= P(有病|Dd)=1， P(有病|dd)=0. Mm mm mm mm mm Mm Mm Mm Mm * 遗传数据基因定位的统计方法简介 * 结论：由于Z值小于3，故该家庭数据不足以支持疾病位点与标记位点连锁的假设。 * 遗传数据基因定位的统计方法简介 * 例题： 例23-2：Machado-Joseph病(MJD)是一种常染色体显性遗传的脊髓小脑共济失调。为了缩短MJD致病基因在第14号染色体上的定位范围，王国相等(1997年)采用第14号染色体上13个新近发现的微卫星DNA多态标记位点对4个中国MJD家系进行了连锁定位分析。这4个多代中国MJD 家系共有成员61名，其中包括患者15名。(图表见《生物医学研究的统计方法》P462，图23-3） * 遗传数据基因定位的统计方法简介 * 参数连锁分析小结 生物学基础：重组现象与连锁现象 资料要求：家系数据（家系越全面，功效越高） 目的：估计重组率，区域定位疾病位点 方法： Lods 连锁分析（似然比检验） 前提条件：需已知疾病位点的遗传模式、等位基因数目、外显率 * 遗传数据基因定位的统计方法简介 * * 遗传数据基因定位的统计方法简介 * 问题： 疾病位点与标记位点无连锁，或 =0.5 疾病位点与标记位点连锁，或 = 0.5 H1： H0： Lods连锁分析法中的检验假设是什么？ * 遗传数据基因定位的统计方法简介 * 三、关联分析 连锁不平衡的度量与检验 基于群体数据的关联分析 家系关联分析 复等位基因情形的推广 3.1 连锁不平衡 在群体中，位于同一染色体的两个位点的等位基因非随机组合现象称为连锁不平衡（Linkage disequilibrium） 连锁不