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计算设计蛋白质同二聚体中的金属介导亲和度及朝向特异性.pdf
计算设计蛋白质同二聚体中的金属介导亲和度及朝向特异性
高亲和度及指定朝向的计算设计蛋白质-蛋白质反应是一项挑战性十足的任务。将金属离子结合
位点结合至目标界面可以作为提高亲和度和指定结合模式的一种方法,从而提升设计交互的稳健
性,用作基本研究以及生物技术到医学的应用的工具。此次我们将介绍合理设计蛋白单体形成锌
介导对称同二聚体的Rosetta 原理方法。我们的金属界面设计,即MID1 (NESG 靶向ID OR37)在
遇到锌(MID1-锌)时形成一种密封二聚体,离解常数低于 30 nM 。若不含锌,离解常数为4 μM 。
MID1-锌的晶体结构显示出与计算模型的整体一致性出色,但仅有四分之三的设计组氨酸与锌配位。
但锌四价配位中产生的组氨酸到谷氨酸点突变,以及产生的金属结合位点和二聚物朝向与计算模
式密切匹配(Cα rmsd = 1.4 Å) 。
(173 words)
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