分子生物学基因芯片.pptVIP

脚踏实地，自强不息 1.基因芯片原理 基因是载有生物体遗传信息的基本单位，存在于细胞的染色体上，将大量的基因片段有序地、高密度的排列在玻璃片或纤维膜等载体上，就叫做基因芯片。生物芯片是在一块最小的基片表面可以集成大量的分子识别探针，能够在同一时间内平行分析大量的基因，进行大信息量的筛选与检测分析，使人们快速准确地获取样品中的生物信息，检测效率是传统检测手段的成千上万倍 1.基因芯片原理 2. HOTMap目的 2. HOTMap目的 3.基因芯片数据的获得 3.基因芯片的数据的获得 3.基因芯片的数据的获得 4.HOTMap分析 4.HOTMap分析 4.HOTMap分析 4.HOTMap分析 4.HOTMap分析 脚踏实地，自强不息 HOTMap分析 胡小鹏 Contents HOTMap目的 2 基因芯片的数据的获得 3 HOTMap分析 4 基因芯片原理 1 数据起始位置 基因芯片检测后，会产生大量的原始数据，由于样本差异、荧光标记效率和检出率的不平衡等因素，需对cy3和cy5的原始提取信号进行均衡和修正才能进一步分析实验数据。 ?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Overview of microarray data, comparing offspring of sibling males fed different diets—red boxes indicate higher RNA levels in low-protein than control offspring, green indicates higher expression in controls. Boxes at the top indicate comparisons between two male (purple) or two female (yellow) offspring. Each column shows results from a comparison of a pair of offspring. Only genes passing the stringent threshold for significant change (Figure S1B) are shown. Data are clustered by experiment (columns) and by genes (rows). 在分析了差异表达数据之后，经常要生成一种更直观图－ 热图(heatmap) 反映基因的相对表达量 All microarray data and deep sequencing data used in this study have been deposited to GEO /projects/geo accession # GSE25899 Benjamin R. Carone.et al. Paternally Induced Transgenerational Environmental Reprogramming ofMetabolic Gene Expression in Mammals. Cell. Cell 143, 1094 3.基因芯片的数据的获得 Retrieve a specific record by entering a valid GEO accession number(GPLxxx,GSMxxx,GSExxx,GDSxxx) GEO上有四类数据GSM, GSE, GDS, GPL GSM是单个样本的实验数据 GDS是人工整理好的关于某个话题的GSM的集合， 一个GDS中的GSM的平台是一样的 。 GSE是一个实验项目中的多个芯片实验，可能使用多个平台 。 GPL是芯片的平台，如Affymetrix， Aglent等  芯片数据聚类分析 芯片数据的聚类分析目前应用较为广泛，它根据芯片的基因表达数据（通常是经过标准化后的数据），利用相应的算法，将基因分到各个类别中。在这个阶段，我们的注意力不是集中为某几个或者某些基因的表达情况，而是发现整个转录组在一定条件下的转录模式。 一般认为在同一类中的基因有相同或相似的生物学功能。 聚类的基因表达谱为研究人员提供基因表达差异，启动子分析，表达模式研究等等便利的条件。 D. radiodurans 实例 基因表达研究中通常假设表达水平相似的基因可能参与相同或相似的生物学过程，因而它们具有相似