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Protein Synthesis 1 Aspects of protein synthesis In the cleft of ribosome, an antiparalle formation of anticodon of tRNA and codon of mRNA Some highly purified tRNA can interact with more than one codon Correlated with the presence of modified nucleosides in the 5’ anticodon, particularly inosine The wobble hypothesis suggested by Crick to explain the redundancy of the genetic code By model building，5’anticodon base was able to undergo more movement than the other two bases, and could form non-standard base pairs as long as the distances between the ribose units were close to normal 由于核糖间的距离不允许嘌呤间或嘧啶间配对，因此没有一种tRNA能够识别三个以上的密码子 At least 32 tRNAs needed to decode the 61 codons, excluding stop codons tRNA依靠摆动碱基可以识别1个、2个或3个密码子 Shine和Dalgarno发现原核生物start codon上游8~13nt处有一个保守序列，称为Shine-Dalgarno序列或SD序列 保守序列通常含有5’-AGGAGG-3’序列中的全部或部分多嘌呤序列 SD sequence can base pair with 3’end of the 16srRNA in the small subunit of ribosome (5’-CCUCCU-3’) SD序列被称为核糖体结合位点（ribosome binding site） SD序列的作用：相对于起始密码子正确定位核糖体，保证翻译的准确 mRNA被翻译时，核糖体从start codon开始移动约70-80nt后，第二个核糖体就能够在核糖体结合位点组装进行翻译 当第二个核糖体沿mRNA移动70-80nt后，第三个核糖体又组装进行翻译 如此反复，一条mRNA链上聚集了多个核糖体 Polysome: multiple ribosomes on a single mRNA 某些mRNA分子会聚集多达50个核糖体，这些核糖体间的间隔约80nt 1.5 Initiator tRNA 无论在真核生物还是原核生物中，蛋白多肽链的第一个氨基酸都是Met 区别：原核生物的start amino acid是修饰过的N-甲酰甲硫氨酸(N-formylmethionine)，而真核生物就是Met Start codon AUG都是由特定的起始tRNA来识别 起始tRNA与识别编码区内的其他AUG密码的tRNA有差别 在E.coli中，二者间的微妙差别在于： 由于反密码子环上缺少烷基化的A，起始tRNA上的碱基配对具有更大的灵活性，可以识别AUG、GUG 为起始密码子，而GUG在原核生物的mRNA中罕见；而非起始的tRNAMet则没有这样的灵活性，只能与AUG配对 这两种tRNA形成甲硫氨酰-tRNA都是由同样的甲硫氨酰-tRNA合成酶催化的 只有起始的甲硫氨酰-tRNA被甲酰酶修饰，从而转变为N-甲酰甲硫氨酰-tRNA N-甲硫基与肽键类似，有助于起始tRNA进入P site，而其 他tRNA则进入A site 1 非甲酰化的fmet-tRNAf也能做为起始，但效率不高，甲酰化是结合tRNA起始因子IF2的一个识别标志 2 tRNA分子氨基酸接受臂末端的配对碱基在fmet-tRNAf中不配对，这阻止了起始tRNA参与延伸，这种不配对的特性也是甲酰化反应必需的 3 反密码子环臂上一系列3个G-C碱基对是起始tRNA所特有的，也是起始tRNA分子插入到P site所必需的 甲酰化甲硫氨酸存在的寿命？ 1 去甲酰化酶存在——以Met为N端 2 氨肽酶存在——新的N端 3 去除反应速度很快 合成进行到约15个氨基酸的时候就完成 1 mRNA结合于核糖体的小亚基，无论何时都保证大约结合30base 2 在蛋白质合成