表型组学的概念与植物表型组学的发展_玉光惠.pdfVIP

分子植物育种，2009 年，第7 卷，第4 期，第639-645 页 Molecular Plant Breeding, 2009, Vol.7, No.4, 639-645 特邀评述 Invited Review 表型组学的概念及植物表型组学的发展 玉光惠 方宣钧* 海南省农作物分子育种重点实验室, 海德热带农业资源研究所, 三亚, 572025 * 通讯作者, xuanjunfang@ 摘 要 表型组(phenome)是指某一生物的全部性状特征；表型组学(phenomics)是一门在基因组水平上系统 研究某一生物或细胞在各种不同环境条件下所有表型的学科。1996 年，衰老研究中心主任Steven A. Garan 在滑铁卢大学的一次应邀演讲上首次提出了Phenomics (表型组学)这一概念。1998 年，比利时的CropDesign 公司一成立即开始着手研发可大规模开发转基因和植物性状评价的高通量的技术平台。2005 年，该公司的 Christophe 等发表具有里程碑意义的论文，详细阐述了称之为“性状工厂”(TraitMill) 的可大规模自动化分析 全生育期植物表型的技术设施。2006 年，Niculescu 及其同事在发表的论文中描述了一种新的用于表型组学 分析的实验定量研究方法，并称之为PhenoChipping。2008 年，澳洲植物表型组学设施(Australian Plant Phe- nomics Facility)在澳大利亚阿德雷德大学威特校区建立。2009 年4 月，第一届国际植物表型组大会在澳大利 亚堪培拉成功举办。本文主要就表型组、表型组学相关概念的定义、研究机构、研究设施、相关文献及植物表 型组学的进展做了概述。 关键词 表型, 表型组, 表型组学, 植物表型组学 Concept of Phenomics and its Development in Plant Science Yu Guanghui Fang Xuanjun * Hainan Provincial Key Lab for Crop Molecular Breeding, Haide Institute of Tropical Agricultural Resources, Sanya, 572025 * Corresponding author, xuanjunfang@ DOI: 10.3969/mpb.007.000639 Abstract A phenome is the whole of the phenotypes expressed by an organism. Phenomics is a field of systematic study concerned with the phenome characterization of organisms or cells, which are characteristics of phenotypes that generate arise via the interaction of the genome with the environment. In 1996, phenomics was coined by Steven A. Garan, Director of the Aging Research Centre (ARC) at a guest lecture he gave at the University of Wa- terloo. In 1998, CropDesign, a Belgium based company was founded and synchronously started to develop a high-throughput technology platform that enables large-scale transgenesis and plant evaluation, and then Dr. Christophe Reuzeau and his colleagues published a landmark paper describing in detail a technical facilities called TraitMill in 2005, which enables large-scale automated analysis of the whole growth period phenotypes of plants.