甘氨酸和6-硫嘌呤氢键作用的密度泛函理论研究.pdfVIP

第 42卷 第 1期 南 开 大 学 学 报 (自然科学版) 2009年 2月 ActaScientiarumNatraliumU卵iPrsitntisN口志lensi5 Vo1．42 N_Ol Feb．2009 文章编号：0465—7942(2009)01—0016-06 甘氨酸与 6一硫嘌呤氢键作用的密度泛函理论研究 和 芹 (唐 山师范学院 化学系，河北 唐 山063000) 摘要 ：在 B3LYP／631+G 水平上对 6一硫嘌呤与甘氨酸氢键作用 的几何结构、电子结构、红外光谱等性质 进行了研究 ，并在 B3LYP／6—311++G一水平上做单点能计算．得到 6一硫嘌呤与甘氨酸氢键作用的选择性为 ：4 123，稳定性顺序与氢键作用顺序一致．二聚物在 298．15K 时分布分数为 ：35 (1)、2 (2)、1 (3)、62 (4)，与稳定性顺序一致．自然键轨道 (NBO)分析表 明氢键质子给体 x—H键长变化与轨道间作用 的 “伸长效应” 和轨道杂化重优 的 “收缩效应”有关，同时，利用 H。一对氢键类型进行归属．AIM 电子密度拓扑分析表明，Y…H 间存在键鞍点，且 电子密度和 Laplacian量都落在氢键范围之 内． 关键词 ：B3LYP；氢键 ；甘氨酸 ；6-硫嘌呤 ；电子密度拓扑分析 中图分类号：O641 文献标识码 ：A 0 引 言 癌症是严重威胁人类健康的一大顽症，对抗癌试剂的研究是生物医学和化学理论及实验研究的重点 之一．研究发现硫取代的嘌呤口 表现出极强的抗癌活性．例如，6一硫嘌呤作为抗代谢类抗肿瘤药物，目前 临床上广泛用于治疗淋巴瘤、白血病等各种增殖性很快的肿瘤．近期张贵珠等人 研究发现 6一硫嘌呤在 体内的存在和运输与体 内含量丰富的血清白蛋白密切相关，血清白蛋白是血浆中含量最丰富的重要载体 蛋白，具有广泛的结合能力 ，能结合内源性、外源性物质 ，具有重要的生理意义，因此研究蛋 白质与 6一硫鸟 嘌呤的相互作用对于了解药物在体内的存在和运输形式具有重要意义．尽管如此，关于 6一硫鸟嘌呤与蛋 白质作用的理论研究至今仍未见报道 ，因此当前研究尤为必要．限于 目前实验条件，对蛋白质这样的高分 子物质进行直接的从头算是不可能的，众所周知，氨基酸是构成蛋 白质的基本单位，甘氨酸是天然存在的 最小氨基酸，对它的研究有助于在分子供水平上解释蛋 白质与 6一硫鸟嘌呤的作用机制 ，并为实现高效低 毒抗癌药物设计提一定理论基础． 1 计算方法 二聚物的稳定性 由稳定化能 E 决定 ，见式(1)．E 由6一硫鸟嘌呤和甘氨酸能量和与二聚物的能量 之差决定l】．E 又可分解两单体的变形能(E E。)及两者之间的相互作用 E。，如式(2)和 (4)所示．变 形能E如是单体形变所致，如式(3)所示 ，其中E (Geom )为稳定单体的能量 ，而E (GeomAB)则表示二聚 物中单体部分的能量．值得指出的是式(4)中E。经BSSE基组叠加误差校正口，即该式 中两单体的能量 均是在二聚物基函数基础上计算所得 ，需要注意的是式 (3)中各项能量均在各 自基 函数基础上计算所得． 同时，E。和Ei均经零点振动能 (ZPVE)校正． E b一 陋 +E (Geom )]一E (Geom ) (1) E b一 (E +E宝。)+E (2) 收稿 日期 ：2008—12—22 基金项 目：唐山师范学 院基础研究基金 (07C22) 作者简介：和 芹 (1978一)，女，河北保定人 ，讲师，主要从事计算化学和应用量子化学研究 第 1期 和 芹：甘氨酸与 6一硫嘌呤氢键作用 的密度泛函理论研究 ·17 ·