基于演化设计遗传算法在分子对接中应用.pdfVIP

18 2011 ，47 （26 ） Computer Engineering and Applications 计算机工程与应用 基于演化设计的遗传算法在分子对接中的应用 1，2 2 康 玲 ，王希诚 KANG Ling1，2 ，WANG Xicheng2 1.大连东软信息学院 计算机系，辽宁 大连 116023 2.大连理工大学 工业装备结构分析国家重点实验室，辽宁 大连 116024 1.Department of Computer Science and Technology ，Dalian Neusoft Institute of Information ，Dalian ，Liaoning 116023，China 2.State Key Lab of Structural Analysis for Industrial Equipment ，Dalian University of Technology ，Dalian ，Liaoning 116024，China KANG Ling ，WANG Xicheng.Evolvement-based genetic algorithm for molecular docking.Computer Engineering and Applications ，2011 ，47 （26 ）：18-20. Abstract ：Species dynamics model is introduced into the genetic algorithm to reflect the true state of evolution.An evolve- ment-based genetic algorithm is developed.In the algorithm ，an adaptive strategy is used to overcome the difficulty of con- firming the crossover and mutation probabilities.Small population strategy and optimal strategy ensure the diversity of the populations and improve the efficiency of the algorithm.Based on the genetic algorithm ，a new molecular docking program is developed.Docking results show that the algorithm can effectively solve the molecular docking problem. Key words ：species dynamics model ；genetic algorithm ；molecular docking 摘 要：将自然界的物种动态模型引入到遗传算法当中，反映出物种的真实进化状态，开发了基于演化设计的遗传算法。算法采 用自适应策略克服了确定交叉和变异概率值的问题，利用小种群策略和最优保留策略保证了种群的多样性，改善了算法的寻优 能力，进而提高了计算效率。运用该遗传算法求解分子对接优化模型，给出基于演化设计的分子对接程序。对接实例表明，算法 能有效应用于分子对接问题中。 关键词：物种动态模型；遗传算法；分子对接 DOI ：10.3778/j.issn. 1002-8331.2011.26.006 文章编号：1002-8331（2011 ）26-0018-03 文献标识码：A 中图分类号：TP301.6 1 引言 2 基于演化设计的遗传算法 20 世纪80 年代以来，作为基于结构的药物设计的一类重 自然界中，“物竞天择，适者生存”。由于生存空间和自然 要方法，分子对接（molecular docking ）一直是计算机辅助药物 资源的限制，任何物种都不会无限制地增长下去，各物种通过 [1-2] 设计研究领域的热点 。它将已知三维结构的小分子化合物 生存竞争与进化，得以存活或者灭亡。为了阐明