基于表达序列标签(EST)的基因克隆与基因表达分析研究进展.pdfVIP

维普资讯 第 3O卷 第 4期 西北农林科技大学学报 (自然科学版) V O1．3O NO．4 2002年 8月 Jour．ofNorthwestSci—TechUniv．ofAgri．andFor．(Nat．Sci d．) A ug． 2002 基于表达序列标签 (EST)的基因克隆和 基 因表达分析研究进展 杨克强，王跃进，张今今，王西平，张剑侠，万怡震 (西北农林科技大学 园艺学院，陕西 杨陵 712100) [摘 要] 表达序列标~ (expressedsequencetag，EST)是在生物体特定时空表达基因的一段 cDNA序列 。随 着生物信息学的发展 ，EST 已成为基因定位 、基 因克隆、基因表达分析的有力工具 。文章对应用EST克隆基因和分 析基因表达的研究进展进行了综述 ，并讨论 了利用 EST进行基 因克隆和表达分析时应注意的问题和发展趋势。 [关键词] 表达序列标签 ；基 因克隆；基因表达 [中图分类号] Q78 [文献标识码] A [文章编号2002)04—0141—05 在人类基 因组计划 (HumanGenomeProject， 育、繁殖分化、遗传变异、疾病发生、衰老死亡等生命 HGP)实施过程 中，美 国国立卫生研究院 (National 过程 的有力工具L5]。 InstitutesofHealth，NIH)生物学家 VenterJc于 1 基于 EST 的基 因克隆 1991年提出了发现表达基因的新战略，即用表达序 列标签 (ExpressedSequenceTag，EST)克隆和定位 1．1 EST 电子杂交基 因克隆 新基因L1]。这一构想的具体过程是将 mRNA在体外 目前，通过数据库查询、cDNA 文库直接测序、 反转录成 cDNA 后克隆到载 体上，构建 cDNA 文 mRNA 差别显示 (DDRT—PCR)、代 表性差示分析 库，再从 cDNA文库 中大规模随机挑选 cDNA 克 (RDA—PCR)和抑制差减杂交 (SSH)等方法获得 的 隆，对 其 3端 或 5端进行 一步法测 序 (Single—run EST数据越来越庞大 。GenBank数据库 中收录的 sequencing)获得 EST。EST就是一段长 约 150～ EST序列有数百万个之多，如：拟南芥的EST有 10 500bp的基因表达的外元序列片段 。利用 EST克隆 万余个 ，水稻有 4万余个，玉米有 7万余个[。我 基因和分析基 因表达 ，使得克隆和定位新基因的策 国也计划在未来 的几年 中获得水稻 的 EST 10万 略发生了革命性的变革[。l3]。近年来，三大 国际一级 个[]。与 此 同 时，随着 人 类 基 因组 框 架 图 的发 生物信 息数据库，即美国国家信息 中心 (National 表 [11,12]和秀丽线虫 (Canenorhabditiselegans)L1、黑 Centerof Biotechnology Information，NCBI)的 腹果蝇 (Drosphilamelannogaster)L1、拟南芥 (Ara— GenBank http ffwww．nchi．nlm．nih．gov／web／ bidop thdlidd)[is等模式生物基 因组测序 的完 GenBank／imdex．htm1)、欧洲分 子生物学室验室 成，这些生物的基因得 以初步确定。据估计 ，人类约 (European M olecular Biology Laboratory—Euro— 有 3万余个基因，线虫有 1．9万个基因，果蝇有1．36 peanBioinformaticsInstitute，EMBL—EBI)的 EM— 万个基因，拟南芥有 2．5万多个基因。这些基因都 已 BL (http：／／www．ebi．ac．uk／databases／index． 被收录到