生物信息学案例在_数据结构_教学中应用_唐四薪.pdfVIP

2013年6月 安康学院学报 June.2013 第25卷 第3期 JournalofAnkangUniversity Vol.25 No.3 生物信息学案例在 《数据结构》教学中的应用 唐四薪，谭晓兰，向 卓 （衡阳师范学院 计算机科学系，湖南 衡阳 421008） 摘 要：为了改善 《数据结构》 课程的教 学效果 ，提高学生的学习兴趣 ，将生物信息 学中的一些案例按照其 涉 及的数据结构原理 ，引入到 《数据结构》 教 学之中。其 中，典型案例 包括串联重复序列 中的基 因识别 问题、双序列 比对的动态规划算法和 多序列 比对 中寻找折 中序列的问题。教 学实践表 明，引入生物信息 学案例能使 学生加深对相 关算法的理解。 关键词：生物信息 学；案例 ；数据结构；教学实践 中图分类号：G642.0文献标识码：A 文章编号：1674-0092（2013）03-0096-03 1 引言 《数据结构》 是计算机科学中一门综合性的专业 和自然科学的重大前沿领域。 基础课，目前数据结构教材主要讨论线性表，栈、队 目前，生物信息学已产生很多成熟的算法，这些 列、串、数组、广义表、树、二叉树和图等基本的数 算法可归纳为各种基本的数据结构以及对它们的操 [1] 作，在数据结构教材中提到的所有数据结构类型都能 据结构及其应用 ，为了让学生理解这些数据结构及 它们的实际用途，教师在讲述每种数据结构时有必要 在生物信息学算法中找到很好的应用实例，如RNA 列举一些生动有趣的例子，使学生对各种数据结构有 二级结构的各种预测模型就涉及到线性表，栈，二叉 更形象的认识。 树和图论等各种数据结构，甚至还有人对RNA二级 [3] 生物信息学是一门交叉学科，它所研究的材料是 结构的各种表示方法之间的转换提出了算法 ，最重 分子生物学的数据，而它进行研究所使用的方法，则 要的是这些基本的生物信息学算法都不难理解，很适 是从各种计算技术衍生出来的，生物信息学的研究必 合作为数据结构应用的实例向学生讲解，这样就能够 须综合运用数学，统计物理学，计算机科学和分子生 理论联系实际，因此，在数据结构中穿插结合讲授生 物学的各种理论和方法，以此来阐明和理解大量数据 物信息学的知识是很有好处的。 所蕴含的生物学意义。生物信息学的研究内容根据侧 2 生物信息学案例举例 重点不同可以分成三类：（1）基因组信息或蛋白质 2.1 串联重复序列中的基因识别问题 组信息的处理和分析；（2）各种数学模型或方法的 以串的模式匹配算法为例，模式匹配是串处理中 引入、运用及发展，如各种统计分析方法和计算机算 的一个最重要的操作，在现行的数据结构教材中，只 法、动态规划（dynamicprogramming）算法、隐马尔 提到了子串、主串的一般模式匹配算法以及为了降低 可夫（HiddenMarkovModels，HMM）模型、人工神 算法复杂度的KMP改进算法，而在生物信息学中， 经网络（ArtificialNeuralNetwork，ANN）、模拟退火 串匹配算法有着相当广泛的应用，下面就列举一些串 （SimulatedAnnealing，SA）算法和遗传算法（Genetic匹配的应用实例。 Algorithm，GA）等；（3）各类生物学数据库和重复序列在基因组中广泛存在生物 ，串联重复序列 数据分析软件的开发，包括数据库的组建、维护和检 （tandemrepeat）是指重复单元呈串状 索技术的研究，应用软件的集成化、使用便捷化以及 在一起形成聚集区的重复序列，串联重复序列在基因 性能可靠化的研究等[2] 表达和调控方面扮演着重要角色 [4] 。当研究内容侧重于（2）类