生物信息学的研究分析软件.pdfVIP

生物信息学软件配置必须在满足课题分析需求的前提下，具备更 快，更灵活，更系统性的进行大规模数据的处理和管理能力。同时最重 要的要让拥有较少计算学，生物信息学背景的生物学家们更好的使用软 件，查看，分析，管理自己的科研数据，世界领先的生物信息分析方案 供应商 CLC Bio 的高通量测序解决方案-CLC 基因组平台（CLC Genomics Workbench/ Server ）比较好的解决了这些分析瓶颈。 比较一些主流的生物信息学分析软件，它同时具备如下优势： 1、支持目前所有主流测序平台的数据和操作系统 包括Sanger, 454, Illumina Genome Analyzer, Helicos ，Ion Torrent/ Proton 以及 Solid 。无论是从头测序，重测序，还是 RNA-Seq 或者 Chip-Seq, 甚至是多平台混合数据分析，CLC 高通量数据分析平台都能 帮你快速完成高质量的专业数据分析并提供丰富的图表报告。 在Linux ，Windows ，Macs 不同操作系统下都可以流畅运行。 1 Sanger 2、强大的生物信息学分析功能和综合性分析工具 CLC高通量数据分析平台能够高效的提供Sanger和高通量测序数据 的mapping 、从头组装、基因组的SNP和DIP检测、ChlP-seq分析、RNA-seq 分析、小RNA分析等一体化工作流程的解决方案。 拥有近100多种执行下游分析和设计相应实验的工具，集成了的分 析工具包括：基因表达分析、Primer 设计、分子克隆、标签表达谱、 BLAST 、EST程序库的构建、Alignment 、系统树、先进的RNA预测和 编辑、结合3D分子分析、蛋白质二级结构的预测等。 2 3、美观、友好的可视化操作界面，丰富的图表结果 针对生物学家，设计了美观的可视化界面和简易的操作界面，无需 运行复杂的生物信息命令脚本，就可直接进行分析。方便用户查看关于 Contig 的各类统计学图形报告和分析结果。 3 丰富的图表结果可以直接用于科研交流和文章的撰写 4、大大提高了大规模数据序列拼装的质量和分析速度 最新的SIMD加速拼装算法，大大提高了大规模数据序列拼装的质 量和速度：439,000 reads 的E.Coli基因组重测序拼装只需要不到3分钟 （2GB 内存 双核，2.13 GHz ，32位PC机）。8600万 paired end reads 的人 基因组重测序只需要不到7个小时 （32GB 内存 8核，2.5 GHz，64位PC 机）。 自建适合自己个性化分析流程的workflow ，随用随调。 4 5、提供服务器Server 和云计算解决方案 服务器计算资源的分布--拥有灵活队列系统的中枢执行平台，合理分 配计算资源和服务设计； 服务器共享数据管理--保存数据在中枢存储器上。可以是文件系统、 CLC生物信息学数据库或用户定制设计的数据库结构。 云平台的运算解决方案—基于Genomics Server 的云计算解决方案。 5 6、保证数据安全性，同时具备可定制化和可扩展性 数据安全性--基于三层架构的系统，设置管理权限和数据加密，确保 数据的安全。 可定制化--在确保数据安全的同时，易于操作，兼容与其它分析工具 或资源的整合，例如Soap，Velvet 。根据个体科研研究的差异性，应用 我们的SDK （软件开发工具包）或各种命令行工具可实现客户端和服务 器端的高度定制化，满足个性化的深度分析需求； 可扩展性--随着需求的改变，可以实现CL