硬骨鱼类线粒体基因系统发育信息效率分析_陈姝君.pdfVIP

第15卷第1期 中国水产科学 Vol . 15 N o . 1 2 0 0 8 年 1 月 Journal of Fishery Sciences of China January 2008 硬骨鱼类线粒体基因系统发育信息效率分析 1，2 2 2 2 2 2 1，2 陈姝君 ，赫崇波 ，木云雷 ，刘卫东 ，周遵春 ，高祥刚 ，丛林林 (1. 辽宁师范大学 生命科学学院，辽宁 大连 116029 ；2. 辽宁省海洋水产科学研究院，辽宁省海洋水产分子生物学重点实验室， 辽宁省应用海洋生物技术开放实验室，辽宁 大连 116023 ) 摘要：采用 PCR 产物直接测序法获得圆斑星鲽 (Verasper variegatus) 和条斑星鲽 (V.moseri) 线粒体基因组的全部基因 序列，并从 GenBank 中下载已知分类地位相关鱼类的线粒体基因的核苷酸序列和蛋白质氨基酸序列，用蛙、鸡、牛做外 群，采用 NJ 和 MP 法，重建鱼类的系统发育树。通过计算各个基因在重建系统发育树时的准确率，估算该基因所含有的 系统发育信息。结果表明，从氨基酸序列和核苷酸序列以及在目、科、属综合分析，这些基因的系统发育信息大致分为好 (16S rRNA 、ND2 、ND4 、12S rRNA 、ND6、ND5)、中 (Cytb、COII 、COIII 、ND 1、COI) 和差 (ND3、ND4L 、ATP6、ATP8)3 个组。在目阶元，当用核苷酸序列分析时，12S rRNA 、16S rRNA 、COII 、ND4 、ND5 和 ND6 最好，COI 、COIII 、Cytb、 ND 1 和 ND2 为中等，而 ND3、ATPase6、 ATPase8 和 ND4L 最差。当用氨基酸序列分析时，ND4 和 ND5 最好，ND 1、 ND2 、 Cytb 、ND6、COI 、COII 和 ND4L 为中等，ND3、ATPase6、COIII 和ATPase8 最差。在科阶元，当用核苷酸序列时， 12S rRNA 、16S rRNA 、ND2 和 ND6 系统发育信息最好；用氨基酸序列时，Cytb 和 ND2 最好。在属阶元，所有基因的核 苷酸序列都具有很好的系统发育信息，而 COII 、ND4L 、ND 1 和 ND3 的氨基酸序列系统发育信息最差。本研究结果有 助于进一步利用线粒体基因研究分析鱼类系统进化关系。[ 中国水产科学，2008，15 (1)：12-21] 关键词：圆斑星鲽；条斑星鲽；硬骨鱼；线粒体；系统发育 中图分类号 文献标识码 文章编号 1005 8737 2008 01 0012 10 ：S917.4　　　 ：A　　　 ： - -( ) - - 由于线粒体中不同基因的进化速度不同，所以 了研究后表明，13 个蛋白编码基因含有的系统发育 对于脊椎动物系统发育研究而言，其所具有的系统 信息明显不同，大致分为非常好、好、中等、差和非常 发育信息也不同 [1-2]。系统发育信息[3] (Phylogenetic 差 5 个类别，非常好的一组包括 ND5、ND4、COIII information)也称作系统发生信息，是用于估算生物 和 COI，好的一组包括 COII 和 Cytb，中等的一组包 有关类群或亲缘关系远近的基因序列信息，一个基 括 ND3 和 ND2，差的一组包括ND 1 和 ATPase 6， 因所具有的系统发育信息的大小，可以通过该基因 非常差的一组包括 ND4L、 ND6 和 ATPase 8。这 在重建系统发育树时的准确率来估算 [3] 。自PCR 与 Zardoya 等的观点有所差异，Miya 认为观察的普 技术和直接测序方法的广泛应用后，线粒体 DNA 遍性还不能确认，需要进一步研究。关于鱼类线粒 成为了系统发育研究的可靠标记 [3]。Zardoya 等 [3]