熵驱动下柱状高分子刷螺旋结构的研究.pdfVIP

物 理 学报 ActaPhys．Sin．Vo1．63，No．1(2014)018201 熵驱动下柱状高分子刷螺旋结构的研究术 邓真渝 ) 翁乐纯) 张冬 )何林李2) 章林溪 )十 1)(浙江大学物理系，杭州 310027) 2)(温州大学物理系，温州 325027) (2013年8月l3目收到；2013年9月 17日收到修改稿) 自然界中广泛存在螺旋结构，在特定情形下熵能驱动高分子链形成螺旋结构．本文采用分子动力学方法 研究柱状高分子刷吸附在无限长圆柱表面时的构象行为．发现其构象与嫁接支链条数、柱状高分子刷与圆柱 表面之间的吸附能密切相关．在较弱的吸附能下，具有较多支链条数的柱状高分子刷能形成完整的螺旋结构， 其本质就是熵驱动下形成的螺旋结构．该研究有助于加深对生物大分子螺旋结构的理解． 关键词：熵驱动，柱状高分子刷，螺旋结构，分子动力学 PACS：82．35．Lr，82．35．Np，82．20．Wt DOI：10．7498／aps．63．018201 子的螺旋结构具有十分重要的意义 1 引 言 2 算法模型 螺旋结构广泛存在于 自然界中，尤其在生物 体系及有机大分子化合物结构中更为常见，比如 在本文中，柱状高分子刷 [10]由一条主链和 DNA分子的双螺旋结构 [1]’蛋白质二级结构中的 ⅣⅣs条支链组成，主链包括Ⅳh个单体，每条支链 螺旋 [】等等．生物大分子的构象对于其理化性 包括 ⅣS个单体，为了简化模型，每个主链单体上均 质具有重大影响，因此，对于生物分子构象行为的 嫁接支链，且嫁接支链条数相等，如图1．主链及支 研究具有十分重要的意义．早在2005年，就有理论 链相邻单体的键能为 预言熵能够驱动受限半刚性高分子链形成螺旋结 。d= -r0)， 构 3【]_Gurevitch等人也通过计算机模拟方法发现 式中kb=100e为弹性系数，键长平衡位置r0= ， 受限于圆管表面的半刚性高分子链能够形成局部 r为相邻单体问的距离． 螺旋结构 4【，引．同时我们的研究也发现，受限于特 对于非共价键单体之 间的相互作用，采用 定半径球壳 内的半刚性高分子链也能形成局部螺 Lennard—Jones势描述： 旋结构 [0，71．最近Rossi等 [0】采用范德瓦尔斯修正 的DFT方法 [9】．也得出振动熵能影响肽链内部形 ULJ(rij)= 成的螺旋结构的有效长度．因此，能否利用熵驱动 得到更高含量更完整的螺旋结构成了我们研究的 重点．本文试 图采用具有较高重叠体积 3【]的柱状 {：(一。+rrij~2216。a／,， 高分子刷来代替传统的半刚性高分子链，发现其构 式中E表示作用能强度系数， 表示单体直径，r 象确实具有完整的螺旋结构，这对于深入研究大分 表示第i个单元和第J个单元之间的距离． }国家 自然学科基金 (批准号2117413121374102)和国家自然学科基金重点项目(批准号资助的 课题 ． 十通讯作者．E-mail：lxzhang@zju．edu．ca @2014中国物理学会 ChinesePhysicalSociety ￡tp：／／wulixb．iphy．ac．c佗