生物信息学初步探索鼻咽癌发病机理--《中国人民解放军第一军医大学》2003年博士论文.docVIP

生物信息学初步探索鼻咽癌发病机理--《中国人民解放军第一军医大学》2003年博士论文 近几十年的研究积累了大量的电子形式的生物医学数据和知识，而一个问题的答案往往隐藏在这大量的信息当中。随着信息的急剧增加，离开计算机的辅助分析而寻求答案已经是不可能的了。探索肿瘤发病机理同样要在实验研究和计算机分析相辅相成的作用下一步步向前发展。 肿瘤的发病是一个多阶段的过程。从正常细胞到恶性肿瘤细胞需要发生六次本质的遗传改变：生长信号的自足，对生长抑制信号的不敏感，逃避程序性死亡，无限制的复制潜力，维持血管生成，以及组织浸润和转移等。不仅如此，每个阶段还可以通过不同的途径以不同的机制实现，因此它是一个多阶段、多途径、多机制的过程。肿瘤的发病机制隐藏在大量的检测数据和积累的知识当中。 肿瘤病理形态学研究指出鼻咽癌经过单纯增生/化生、异型增生/化生、原位癌、微小浸润癌、转移癌等阶段发展而来。由于临床上无法取得足量的各阶段人鼻咽癌材料，也由于至今没有合适的动物模型，给探索鼻咽癌发病机制带来了困难。 姚开泰提出了鼻咽癌发病机理的假说。随着分子生物学技术的飞速发展，研究积累了大量的鼻咽癌相关知识和数掘。这些信息当中隐藏着鼻咽癌发病机制的更深层答案。本研究仅试图就其中的比较基因组杂交、鼻咽癌细胞中EBV与机体相互作用以及肿瘤特异性转录调控三个方面的信息进行初步数据挖掘；而更多信息(如微阵列表达谱、蛋白质芯片数据、核酸多态性、鼻咽癌细胞中的异常信号通路和质谱数据等)的挖掘还有待下一步进行研究。 比较基因组杂交(CGH)能够在全基因组范围内观察肿瘤细胞与正常(对照)细胞有明显DNA数量不同的染色体区域。这些拷贝数异常的染色体区域可能是肿瘤相关基因的所在区域；过表达的致瘤基因可能存 在于扩增区域;而低表达的抑瘤基因可能存在于丢失区域。 在肿瘤的发病过程中，染色体变异有关联发生的倾向;而且就象 vogelstein的路径假说一样，可能存在先后关系。而当肿瘤发展到晚期时， 由于基因组的稳定性严重破坏，会继发大面积的染色体变异，这些变异 呈随机事件发生，可能与肿瘤的发病无关。因此，Desper等人采用Brodeur 的方法选择与肿瘤发病相关的染色体变异，并发明了两种方法(构建距 离树和分枝树模型)来寻找它们的关联倾向和先后关系。但是由于边界 问题难于解决，他们只能在染色体臂水平构建树模型。这给后期的实验 带来巨大的工作量。 为此，本研究采用Brodeur和Desper的方法，并利用重叠区域构建 树模型(从而将研究从染色体臂水平提高到染色体区带水平)，分析164 例鼻咽癌的比较基因组杂交数据，寻找鼻咽癌细胞中与发病相关的染色 体变异以及它们的关联倾向和先后顺序。结果发现与鼻咽癌发病相关的 染色体变异为:染色体区带3p26一13、1 1 q22一25、1 6q 12一24、14q24一32、 13qZI一32和9p23一21的丢失以及染色体区带12plZ、12q13一15、lq22一32、 3ql3.1一26.2和8q22.1一24.2的扩增。它们的关联倾向将鼻咽癌分作三类。 第一类包括:+3 ql3.1一26.2(“+”代表扩增，“一”代表丢失)。第二类 包括:+12plZ，+12ql3一15，和+8q22.l一24.2。第三类包括: 一3P26一23，一16qlZ一24，一14q24一32，一13qZI一32，一llq22一25，一9p23一21，和 +l q22一32。结果还暗示了每类成员发生的先后顺序。第二类首先发生 +12plZ，然后+12ql3一xs，最后+8q22.l一22.4;第三类首先发生一3p26一13， 随后发生一14q24一犯、一z3qZI一32、一11q22一25、一9p23一21或+lq22一 32。 一14q24一32之后还可以继发一16q21一24。树模型的结果与分子生物学实验发 现的3P26一13的丢失是早期事件，8q22.1一242的扩增和9p23一21的丢失 是晚期事件的现象相符;树模型还预测了12pl2和12q13一巧的扩增是重 要的早期事件，13q21一32的丢失是重要的晚期事件。本研究还讨论了树 模型上的己知鼻咽癌相关基因，染色体分类与分子分类相比的优缺点以 及树模型的应用前景。 EB病毒可能在鼻咽癌发病的过程中也起着重要的作用。由于至今没 有包含EBV基因的微阵列，使得无法在基因组范围内探索EBV与机体 的基因共表达模式，而难于全面阐述EBV对鼻咽癌发病的影响。