@-AHIV_1整合酶和抑制剂金精三羧酸复合物的分子动力学模拟.pdfVIP

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2015-07-31 发布于安徽
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2004 年第 62 卷化学学报 Vol . 62 , 2004 第 8 期 , 745～749 ACTA CHIMICA SINICA No . 8 , 745～749 HIV1 整合酶与抑制剂金精三羧酸复合物的分子动力学模拟朱海梅　　陈慰祖　　王存新 (北京工业大学生命科学与生物工程学院　北京 100022) ( ) 2 + ( ) 摘要　用分子对接程序 Autodock 将含有一个 Mg 的 HIV1 整合酶核心区以下简称 INA 与抑制剂小分子金精三羧酸 ( ) ( ) 简称 Aurin 进行对接 ,预测其未知的复合物结构 ,然后用分子动力学 MD 方法对 INA 与 Aurin 的对接结果进行了 950 p s 的模拟. MD 模拟结果发现 , INA 与 Aurin 形成了两个稳定的氢键 ,Mg2 + 也与 Aurin 上的氧原子形成了稳定的配键 , INA 与 Aurin 之间的静电相互作用能和范德华相互作用能的平均值分别为 - 2058 和 - 1627 kJ/ mol . 根据 MD 模拟得到的 INA 与 Aurin 相互作用后的构象变化信息 ,我们对对接复合物结构进行了修正 ,给出了更加合理和稳定的复合物预测结构. 本工作得到的 HIV1 整合酶与抑制剂 Aurin 的结合模式信息将有助于设计和改造出效果更好的抗 HIV1 整合酶的先导化合物. 关键词　HIV1 整合酶 ,金精三羧酸 ,分子对接 ,分子动力学 Molecular Dyna mics Simulation on the Complex of HIV1 Integrase and the Inhibitor Aurintricarboxylic Acid ZHU , HaiMei 　　CHEN , WeiZu 　　WAN G , CunXin ( College of L fi e Science and B ioengineering , B eij ing University of Technology , B eij ing 100022) Abstract 　Molecular dynamics simulation method was used to study the complex structure of HIV1 integrase and its ( ) ( ) 2 + inhibitor aurintricarboxylic