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组装基础及高等生物De novo 测序 陈 宁 2011.06 什么是De novo ？ De novo 测序也叫从头测序，不需要任何参考序列对某个物种进行 测序，用生物信息学手段进行拼接、组装，从而获得该物种的基因组 序列图谱。 全基因组重 测序是对已知基因组序列物种的个体进行基因组测序， 并在个体或群体水平进行差异性分析的方法。 如何区分？ De novo: 无需参考序列 ，拼接、组装 重测序: 需参考序列，比对（Blast） De novo测序 高等生物De novo 测序 高等动物、高等植物： 人、家禽、兽类、鱼类、昆虫…… 粮食作物、蔬菜、果树、能源作物…… 低等生物De novo 测序 微生物：细菌、真菌、叶绿体等。 全球基因组测序研究趋势 1998 2000 2001 2002 2004 2006 2007 2008 2009 2010 基因组测序的时代已 经来临 Published plant genomes （26 ） 中文名 拉丁名 发表时间 刊物 拟南芥 Arabidopsis thaliana 2000.11 Nature 水稻 Oryza sativaL. ssp.indica 2002.4 Science 水稻 Oryza sativa L. ssp.japonica 2002 Science 甘蓝 Brassica oleracea 2005.4 Genome Research 杨树 Populus trichocarpa 2006.9 Science 葡萄 Vitis vinifera 2007.9 Nature 衣藻 Chlamydomonas reinhardtii 2007.1 Science 苔藓 Physcomitrella pattens 2008.1 Science 番木瓜 Carica papaya 2008.4 Nature 三角褐指藻 Phaeodactylum tricornutum 2008.11 Nature 高粱 Sorghum bicolor 2009.1 Nature 玉米 Zea mays ssp. mays L.