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2015-08-06 发布于江苏
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Improvements on environmental DNA extraction and purification procedures for matagenomic analysis.pdf

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J．Cent．SouthUniv．(2012)19：3055—3063 垒Springer DoI：10．1007／sl1771．012—1378．6 ImprovementsonenvironmentalDNA extractionand purificationproceduresformatagenomicanalysis XIEJian．ping(谢建平) ，wuLi．you(吴力游)，J．D．vanNostrand2，HEZhi．1i(贺志理)，LOZhen—mei(吕镇梅) ， YUHao(于浩) ，XIONGJin_bo(熊金波) ，LIUXin．xing(刘新星) ，ZHOUJi．Zhong(周集中)。’ 1．SchoolofM ineralsProcessingandBioengineering，CentralSouthUniversity,Changsha4l0083，China； 2．InstituteforEnvironmentalGenomics，DepartmentofBotanyandM icrobiology, UniversityofOklahoma，Norman，OK，73072，USA： 3．KeyLaboratoryofBiometallurgyofMinistryofEducation(CentralSouthUniversity)、Changsha410083China 4．CollegeofLifeSciences．ZhejiangUniversity,Hangzhou3l0058，China； 5．CollegeofResourceandEnvironmentEngineering．LiaoningTechnicalUniversity,Fuxin123000．China； 6．StateKevLaboratoryofAgricultura1M icrobiology (HuazhongAgriculutralUniversiyt)，Wuhan430070，China； ◎CentralSouthUniversiytPressandSpringer—VerlagBerlinHeidelberg2012 Abstract：0urpreviously described environmentalDNA extraction methodhasbeen widely used in environmentalmicrobia1 community analysis．However,residualhumic substancesmay remain with obtained environmentalDNA．which interferes downstream molecularanalyses．Toremedythissituation．twoDNAextractionbuffers(PIPESand1 s—HCI)andfo111purification strategiesincludingournewmodifiedlowmeltingpointgelpurificationmethodandthreecommercialkitsfromQIAEX，Omegaand Promegawereevaluatedwithdiversesoilsamples．ThePIPESbufferfDH 6．5)isfoundtobemoreeffectiveforremovingthehumic substances．butitleadstolowerDNA yieldandcausesmoresevereDNAshearingthanusingtheTris—HClbuffer(pH8．01．Gel purificationandthePromegapurificationkitachievemuchhighe