Affymetrix基因芯片原始数据噪声分析与应用.pdfVIP

[3] 究。首先利用Affymetrix 公司提供的一个标准的拉丁方 spike-in 数据集 分析原始数据的噪声特征，研究 芯片的物理结构和噪声之间的关系，归纳出该对应关系的表示方式，将此对应关系应用到目前一个先进 的计算基因表达水平的概率模型 mmgMOS[4] 中,最后采用拉丁方 spike-in 实验数据集及一个真实的老鼠胚 胎数据集[5]对改进的mmgMOS 模型进行实验验证，实验结果显示考虑了芯片物理结构和数据噪声的关系， 可以有效地提高已有的mmgMOS 方法对基因表达水平计算的精度和效率。 1 Genechip 基因芯片实验原理 基因芯片是一个方形的固体平面，其上固定大量称之为探针的 cDNA 短序列，探针可以与基因或基因 的产物mRNA 等在一定条件下发生杂交反应。在基因芯片实验过程中，首先从生物样本中提取 mRNA ， 对截断的 mRNA 进行荧光标记后利用碱基互补配对原理与基因芯片上的探针进行杂交，把配对后的芯片 进行冲洗、扫描，图像分割等方法得到探针的荧光灰度值，即探针水平的原始数据。目前广泛使用的芯 片主要是美国 Affymetrix 公司的寡聚核苷酸基因芯片，为了提高基因芯片杂交的灵敏度和特异性， Affymetrix 公司使用原位合成的方法设计了独特的PM-MM 探针方案。设计思路为，每一个