第一性原理方法预测水相核酸碱基及其代谢物的氧化还原电动势.pdfVIP

物理化学学~ (WuliHuaxueXuebao) M arch AetaPhys．一Chim．Sin．2011，27(3)，595—603 595 [Article] WWW．whxb．pku．edu．cn 第一性原理方法预测水相核酸碱基及其代谢物的氧化还原 电动势 李敏杰 刘卫霞 彭淳容 陆文聪 (上海大学化学系，上海200444) 摘要：氧化还原电动势是了解核酸中电荷 ／电子转移过程 以及设计具有新型氧化还原活性的碱基类化合物的 重要参数．本文对82个芳香化合物的氧化还原电动势进行理论预测，通过计算值和实验值的比较发现：气相采 用 B3LYP／6．311++G(2of,2p)／／B3LYPI6-31+G(d)方法，液相采用 HF—COsMORS／UAHF方法，对运用 HF- CPCM／UAHF方法在水相重新优化的构型计算溶剂化能，能有效预测芳香化合物水相氧化还原电动势，该理论 方法计算的绝对均方根误差(RMSD)为0．124 运用该理论方法成功预测了属于芳香化合物的核酸碱基及其 代谢物的水相氧化还原电动势．根据预测结果，讨论了核酸中电荷，电子转移过程以及结构改变对设计具有新 型氧化还原活性的核酸碱基类化合物的影响．本文为设计具有氧化还原活性的新型核酸碱基类化合物提供了 一 种理论方法． 关键词：第一性原理方法：氧化还原电动势； 核酸碱基：代谢物：水相 中图分类号：O641 A First-PrinciplesMethodforPredictingRedoxPotentialsof NucleobasesandtheMetabolitesinAqueousSolution LIMin—Jie LIUW ei—Xia PENG Chun-Rong LUW en-Cong (DepartmentofChemistry,ShanghaiUniversity,Shanghai200444, R．China1 Abstract： Redoxpotentialsareofimpo~ance inunderstanding the charge／electron transferprocesses involvedinnucleicacids．Inthisstudy，theprotocoloftheB3LYP／6-311++G(2df,2p)／／B3LYP／6-31+G(d)in gasphaseandtheHF—COSMORS／UAHF forthe solvationenergy calculationsatthe HF—CPCM，UAHF re-optimizedsolutiongeometriesinaqueoussolution，asimplementedintheGaussian03programs，has been established to predictthe redox potentials ofthe aromatic compounds in aqueous solution．1n comparisonwiththe82experimentalredoxpotentials，therootmeansquaredeviation (RMSD)iSonly 0．124 This scheme has been employed successfuIly to calculate the redox potentials ofvarious nucleobases and the metabolites．The structuraIand char